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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z22 | ||||||
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タイトル | GDP-Bound Rab23 GTPase crystallized in C222(1) space group | ||||||
![]() | Ras-related protein Rab-23 | ||||||
![]() | PROTEIN TRANSPORT / Rab GTPase / Rab23 / Vesicular transport | ||||||
機能・相同性 | ![]() craniofacial suture morphogenesis / RAB geranylgeranylation / spinal cord dorsal/ventral patterning / dorsal/ventral neural tube patterning / regulation of smoothened signaling pathway / GTP metabolic process / embryonic digit morphogenesis / negative regulation of protein import into nucleus / autophagosome assembly / autophagosome ...craniofacial suture morphogenesis / RAB geranylgeranylation / spinal cord dorsal/ventral patterning / dorsal/ventral neural tube patterning / regulation of smoothened signaling pathway / GTP metabolic process / embryonic digit morphogenesis / negative regulation of protein import into nucleus / autophagosome assembly / autophagosome / endomembrane system / cellular defense response / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / neural tube closure / negative regulation of proteolysis / intracellular protein transport / phagocytic vesicle membrane / nervous system development / endosome membrane / GTPase activity / GTP binding / signal transduction / proteolysis / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eathiraj, S. / Pan, X. / Ritacco, C. / Lambright, D.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of family-wide Rab GTPase recognition by rabenosyn-5. 著者: Eathiraj, S. / Pan, X. / Ritacco, C. / Lambright, D.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 769.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 769.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1yu9C ![]() 1yvdC ![]() 1yzkC ![]() 1yzlC ![]() 1yzmC ![]() 1yznC ![]() 1yzqC ![]() 1yztC ![]() 1yzuC ![]() 1z06C ![]() 1z07C ![]() 1z08C ![]() 1z0aC ![]() 1z0dC ![]() 1z0fC ![]() 1z0iC ![]() 1z0jC ![]() 1z0kC ![]() 1z2aC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19066.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.15 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 27% PEG 6000, 200mM Na Citrate, 50mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年1月9日 / 詳細: Osmic mirror |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.06→50 Å / Num. all: 10035 / Num. obs: 10052 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.06→2.12 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 828 / Rsym value: 0.306 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Polyalanine Rab3a GTPase 解像度: 2.06→6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 4.818 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.273 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.757 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.06→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.06→2.107 Å / Total num. of bins used: 20
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