PDB-1z1y: Crystal structure of Methylated Pvs25, an ookinete protein from P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z1y

タイトル

Crystal structure of Methylated Pvs25, an ookinete protein from Plasmodium vivax

要素

ookinete surface protein Pvs25

キーワード

CELL ADHESION / Four EGF-like domains

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium ion binding / cell surface / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Saxena, A.K. / Singh, K. / Su, H.P. / Klein, M.M. / Stowers, A.W. / Saul, A.J. / Long, C.A. / Garboczi, D.N.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The essential mosquito-stage P25 and P28 proteins from Plasmodium form tile-like triangular prisms
著者: Saxena, A.K. / Singh, K. / Su, H.P. / Klein, M.M. / Stowers, A.W. / Saul, A.J. / Long, C.A. / Garboczi, D.N.

履歴

登録	2005年3月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年11月20日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_symm_contact ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z1y.cif.gz	83.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z1y.ent.gz	68.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z1y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1z1y_validation.pdf.gz	455 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1z1y_full_validation.pdf.gz	465.7 KB	表示
XML形式データ	1z1y_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	1z1y_validation.cif.gz	23.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/1z1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/1z1y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1z27C 1z3gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1g73-1 4zja-d 6ck4-4 3q5x-d 4k7d-1 6ck4-3 6ck4-2 2065 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (3) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (3) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ookinete surface protein Pvs25

B: ookinete surface protein Pvs25

ヘテロ分子

43.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.164, 43.700, 65.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.15, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ookinete surface protein Pvs25 分子量: 21035.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア病原虫) プラスミド: YEpRPEU-3 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): S. cerevisiae VK1 キーワード: Plasmodium vivax ookinete surface protein Lacking N-terminal signal sequence and C-terminal GPI linker Reductively Methylated Protein 参照: UniProt: O96555
#2: 化合物	ChemComp-YB / YTTERBIUM (III) ION 分子量: 173.040 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Yb
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 36 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG1500, sodium accetate, ammonium accetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.09524 / 波長: 1.09524 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.09524 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→28.6 Å / Num. all: 21617 / Num. obs: 21346 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 14.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / R_merge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 21346 / R_sym value: 0.187 / % possible all: 98.1

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2 Å / D res low: 28.64 Å / FOM acentric: 0.413 / FOM centric: 0.169 / Reflection acentric: 19856 / Reflection centric: 1321

Phasing MAD set

ID	R cullis acentric	R cullis centric	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	2	28.64	19856	1321
ANO_1	0.718	0	2	28.64	19788	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	8.56-28.64	0	155	53
ISO_1	6.19-8.56	0	377	71
ISO_1	5.09-6.19	0	517	68
ISO_1	4.43-5.09	0	614	65
ISO_1	3.97-4.43	0	693	73
ISO_1	3.63-3.97	0	789	63
ISO_1	3.37-3.63	0	859	65
ISO_1	3.15-3.37	0	909	71
ISO_1	2.97-3.15	0	995	60
ISO_1	2.82-2.97	0	1027	65
ISO_1	2.69-2.82	0	1087	62
ISO_1	2.58-2.69	0	1133	60
ISO_1	2.48-2.58	0	1194	64
ISO_1	2.39-2.48	0	1222	62
ISO_1	2.31-2.39	0	1300	70
ISO_1	2.23-2.31	0	1325	72
ISO_1	2.17-2.23	0	1360	72
ISO_1	2.11-2.17	0	1401	69
ISO_1	2.05-2.11	0	1434	58
ISO_1	2-2.05	0	1465	78
ANO_1	8.56-28.64	0.442	129	0
ANO_1	6.19-8.56	0.403	369	0
ANO_1	5.09-6.19	0.396	512	0
ANO_1	4.43-5.09	0.448	612	0
ANO_1	3.97-4.43	0.514	689	0
ANO_1	3.63-3.97	0.561	789	0
ANO_1	3.37-3.63	0.602	858	0
ANO_1	3.15-3.37	0.65	909	0
ANO_1	2.97-3.15	0.68	995	0
ANO_1	2.82-2.97	0.735	1027	0
ANO_1	2.69-2.82	0.775	1087	0
ANO_1	2.58-2.69	0.797	1133	0
ANO_1	2.48-2.58	0.841	1194	0
ANO_1	2.39-2.48	0.886	1221	0
ANO_1	2.31-2.39	0.914	1300	0
ANO_1	2.23-2.31	0.932	1324	0
ANO_1	2.17-2.23	0.952	1358	0
ANO_1	2.11-2.17	0.952	1399	0
ANO_1	2.05-2.11	0.962	1430	0
ANO_1	2-2.05	0.963	1453	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	Occupancy
1	3.433	31.429	10.501	YB	1.67
2	-2.176	27.9	19.454	YB	1.9
3	29.159	19.2	7.271	YB	1.73
4	27.839	23.733	28.698	YB	0.89
5	26.697	23.163	32.005	YB	0.68
6	24.812	25.164	30.01	YB	1.27
7	46.899	20.24	15.089	YB	1.12
8	17.249	-0.292	34.397	YB	1.11
9	-5.712	16.339	61.903	YB	0.65

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM acentric	FOM centric	Reflection acentric	Reflection centric
8.56-28.64	0.646	0.294	155	53
6.19-8.56	0.672	0.243	377	71
5.09-6.19	0.667	0.26	517	68
4.43-5.09	0.621	0.201	614	65
3.97-4.43	0.574	0.174	693	73
3.63-3.97	0.552	0.176	789	63
3.37-3.63	0.534	0.161	859	65
3.15-3.37	0.51	0.191	909	71
2.97-3.15	0.51	0.194	995	60
2.82-2.97	0.492	0.218	1027	65
2.69-2.82	0.463	0.155	1087	62
2.58-2.69	0.446	0.233	1133	60
2.48-2.58	0.413	0.153	1194	64
2.39-2.48	0.369	0.159	1222	62
2.31-2.39	0.356	0.143	1300	70
2.23-2.31	0.317	0.118	1325	72
2.17-2.23	0.299	0.096	1360	72
2.11-2.17	0.278	0.096	1401	69
2.05-2.11	0.253	0.081	1434	58
2-2.05	0.249	0.076	1465	78

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.6	データ抽出
HKL-2000		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→28.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU B: 5.455 / SU ML: 0.157 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.276	1095	5.1 %	RANDOM
R_work	0.244	-	-	-
all	0.245	21346	-	-
obs	0.245	20249	98.75 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: BABINET MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.03 Å²	0 Å²	0.56 Å²
2-	-	-0.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→28.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2732	0	9	88	2829

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	2786
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.364	2.032	3768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.038	5	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.071	28.033	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.481	15	368
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	436
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2004
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	1879
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.121	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.305	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.159	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.188	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.751	1.5	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.203	2	2798
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.826	3	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.069	4.5	970

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	73	-
R_work	0.251	1485	-
obs	-	1485	98.48 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)