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- PDB-1z0n: the glycogen-binding domain of the AMP-activated protein kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z0n
タイトルthe glycogen-binding domain of the AMP-activated protein kinase
要素5'-AMP-activated protein kinase, beta-1 subunit
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / beta sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Macroautophagy / TP53 Regulates Metabolic Genes / nail development / nucleotide-activated protein kinase complex / cellular response to nutrient levels / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of cold-induced thermogenesis / protein kinase binding ...Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Macroautophagy / TP53 Regulates Metabolic Genes / nail development / nucleotide-activated protein kinase complex / cellular response to nutrient levels / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of cold-induced thermogenesis / protein kinase binding / signal transduction / protein-containing complex / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cyclodextrin / 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Polekhina, G. / Gupta, A. / van Denderen, B.J. / Feil, S.C. / Kemp, B.E. / Stapleton, D. / Parker, M.W.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Structural Basis for Glycogen Recognition by AMP-Activated Protein Kinase.
著者: Polekhina, G. / Gupta, A. / van Denderen, B.J. / Feil, S.C. / Kemp, B.E. / Stapleton, D. / Parker, M.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Crystallization of the glycogen-binding domain of the AMP-activated protein kinase beta subunit and preliminary X-ray analysis
著者: Polekhina, G. / Feil, S.C. / Gupta, A. / O'Donnell, P. / Stapleton, D. / Parker, M.W.
履歴
登録2005年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年11月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-AMP-activated protein kinase, beta-1 subunit
B: 5'-AMP-activated protein kinase, beta-1 subunit
C: 5'-AMP-activated protein kinase, beta-1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3786
ポリマ－32,9193
非ポリマー3,4593
水5,531307
1
A: 5'-AMP-activated protein kinase, beta-1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1262
ポリマ－10,9731
非ポリマー1,1531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 5'-AMP-activated protein kinase, beta-1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1262
ポリマ－10,9731
非ポリマー1,1531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 5'-AMP-activated protein kinase, beta-1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1262
ポリマ－10,9731
非ポリマー1,1531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.750, 45.250, 50.600
Angle α, β, γ (deg.)71.90, 69.70, 65.40
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase, beta-1 subunit / AMPK beta-1 chain / AMPKb / 40 kDa subunit


分子量: 10973.046 Da / 分子数: 3 / 断片: 68-163 fragment / 変異: L105M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pProEX HT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Novagen 834 (DE3) / 参照: UniProt: P80386
#2: 多糖 Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / beta-cyclodextrin


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: beta-cyclodextrin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,7,7/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1/a1-g4_a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.65 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG, monomethyl ether 5000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月10日
放射モノクロメーター: Diamond (111) double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→24 Å / Num. all: 23738 / Num. obs: 23738 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.111
反射 シェル解像度: 1.48→1.51 Å / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / Num. measured obs: 3324 / Χ2: 0.458 / % possible all: 91.4

-
位相決定

位相決定手法: 多重同系置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS精密化
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.6データ抽出
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.49→23.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.247 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21256 2583 5.1 %RANDOM
Rwork0.18388 ---
all0.18534 23738 --
obs0.184 23738 96.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.137 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20.31 Å2-1.06 Å2
2---0.38 Å2-0.3 Å2
3---1.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→23.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1992 0 231 307 2530
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6662.0473171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.835244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.45424.563103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.34515323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.55159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2050.2399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0420.021732
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.2956
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.21597
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1690.237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.04131265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.99742000
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.65221176
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2853.51171
LS精密化 シェル解像度: 1.49→1.529 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 197 -
Rwork0.297 3486 -
obs--94.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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