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万見
- PDB-1yzc: The solution structure of a redesigned apocytochrome B562 (Rd-apo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yzc
タイトルThe solution structure of a redesigned apocytochrome B562 (Rd-apocyt b562) with the N- and a part of the C-terminal helices unfolded
要素edesigned apo-cytochrome b562
キーワードELECTRON TRANSPORT / Folding intermediates / native-state hydrogen exchange / protein engineering / protein structure / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Berkeley Structural Genomics Center / BSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing, molecular dynamics matrix relaxation torsion angle dynamics
データ登録者Feng, H. / Zhou, Z. / Bai, Y. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: A protein folding pathway with multiple folding intermediates at atomic resolution
著者: Feng, H. / Zhou, Z. / Bai, Y.
履歴
登録2005年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: edesigned apo-cytochrome b562


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1791
ポリマ－11,1791
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 edesigned apo-cytochrome b562


分子量: 11179.256 Da / 分子数: 1 / 変異: W7D, L10G, L14G, V16G, I17G, I98G, Y101G, Y105G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: ET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS cells / 参照: UniProt: Q0SXH8*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D HSQC
1213D 15N-separated NOESY
1313D 13C-separated NOESY
141HNHA
1513D HN(CA)CB, 3D CBCA(CO)NH
1613D HAHBCONH, 3D HNCO, 2D NOESY
1722D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
150mM sodium acetate; 92.5% H2O, 7.5% D2O92.5% H2O, 7.5% D2O
250mM sodium acetate; 99% D2O99% D2O
試料状態pH: 4.84 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe5.0.4Delaglio, F.解析
X-PLORNIH-2.9構造決定
X-PLORNIH-2.9精密化
精密化手法: distance geometry simulated annealing, molecular dynamics matrix relaxation torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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