[日本語] English
万見
- PDB-1yy3: Structure of S-Adenosylmethionine:tRNA Ribosyltransferase-Isomera... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yy3
タイトルStructure of S-Adenosylmethionine:tRNA Ribosyltransferase-Isomerase (QueA)
要素S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase
キーワードISOMERASE / beta-barrel / QueA / Bacillus subtilis / Quein Queuosine / S-Adenosylmethionine:tRNA Ribosyltransferase-Isomerase / tRNA-modification
機能・相同性
機能・相同性情報


S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase / S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase activity / tRNA wobble guanine modification / tRNA queuosine(34) biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
QueA-like / QueA-like / QueA-like / S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase, QueA / S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase, QueA superfamily / QueA, domain 1 / QueA, domain 2 / Queuosine biosynthesis protein / Thrombin, subunit H / Beta Barrel ...QueA-like / QueA-like / QueA-like / S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase, QueA / S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase, QueA superfamily / QueA, domain 1 / QueA, domain 2 / Queuosine biosynthesis protein / Thrombin, subunit H / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Grimm, C. / Ficner, R. / Reuter, K.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of Bacillus subtilis S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase
著者: Grimm, C. / Ficner, R. / Sgraja, T. / Haebel, P. / Klebe, G. / Reuter, K.
履歴
登録2005年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase
B: S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6802
ポリマ－77,6802
非ポリマー00
水00
1
A: S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8401
ポリマ－38,8401
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8401
ポリマ－38,8401
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.671, 101.671, 152.794
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
詳細Each of the two chains represents a biological unit

-
要素

#1: タンパク質 S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase / Queuosine biosynthesis protein queA


分子量: 38840.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O32054, 異性化酵素

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG4000, ammonium sulphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-410.9393
シンクロトロンESRF ID2920.9787, 0.9789, 0.9205
シンクロトロンESRF ID14-430.9999, 1.009, 0.9393, 0.9919
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2000年2月1日
MARRESEARCH2CCD
ADSC QUANTUM 43CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
3MADMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.93931
20.97871
30.97891
40.92051
50.99991
61.0091
70.99191
反射解像度: 2.7→61 Å / Num. obs: 41787 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 95.6 Å2 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.88→61 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 1811543.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.386 734 4 %RANDOM
Rwork0.364 ---
obs0.364 18507 98.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.1349 Å2 / ksol: 0.342883 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 86.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.27 Å20 Å20 Å2
2---7.27 Å20 Å2
3---14.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.16 Å0.81 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.12 Å0.86 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4990 0 0 0 4990
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.12
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.88→3.04 Å / Rfactor Rfree: 0.5996 / Rfactor Rwork: 0.5921 / Total num. of bins used: 5
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る