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万見
- PDB-1yx3: NMR structure of Allochromatium vinosum DsrC: Northeast Structura... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yx3
タイトルNMR structure of Allochromatium vinosum DsrC: Northeast Structural Genomics Consortium target OP4
要素hypothetical protein DsrC
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / DsrC / Dissimilatory sulfite reductase / gamma subunit / DsvC / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルフルトランスキナーゼ類 / transferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DsrC protein, C-terminal domain / Dissimilatory Siroheme-sulfite Reductase; Chain: A; domain 1 / DsrC protein, N-terminal domain / Sulphur transfer protein DsrC/TusE / DsrC-like domain superfamily / DsrC-like protein, C-terminal domain / DsrC-like protein, N-terminal domain / DsrC like protein / Arc Repressor Mutant, subunit A / 2-Layer Sandwich ...DsrC protein, C-terminal domain / Dissimilatory Siroheme-sulfite Reductase; Chain: A; domain 1 / DsrC protein, N-terminal domain / Sulphur transfer protein DsrC/TusE / DsrC-like domain superfamily / DsrC-like protein, C-terminal domain / DsrC-like protein, N-terminal domain / DsrC like protein / Arc Repressor Mutant, subunit A / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Allochromatium vinosum (紅色硫黄細菌)
手法溶液NMR
データ登録者Cort, J.R. / Dahl, C. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Allochromatium vinosum DsrC: solution-state NMR structure, redox properties, and interaction with DsrEFH, a protein essential for purple sulfur bacterial sulfur oxidation.
著者: Cort, J.R. / Selan, U. / Schulte, A. / Grimm, F. / Kennedy, M.A. / Dahl, C.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2005
タイトル: Novel genes of the dsr gene cluster and evidence for close interaction of Dsr proteins during sulfur oxidation in the phototrophic sulfur bacterium Allochromatium vinosum.
著者: Dahl, C. / Engels, S. / Pott-Sperling, A.S. / Schulte, A. / Sander, J. / Lubbe, Y. / Deuster, O. / Brune, D.C.
#2: ジャーナル: MICROBIOLOGY / 年: 1998
タイトル: Sirohaem sulfite reductase and other proteins encoded by genes at the dsr locus of Chromatium vinosum are involved in the oxidation of intracellular sulfur.
著者: Pott, A.S. / Dahl, C.
履歴
登録2005年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein DsrC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7921
ポリマ－14,7921
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 25low energy structures with fewest restraint violations
代表モデルモデル #1low energy, few violations, close to average structure

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein DsrC


分子量: 14791.669 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Allochromatium vinosum (紅色硫黄細菌)
遺伝子: DsrC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O87899

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13N,15N-separated simultaneous NOESY
1324D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM U-13C, 15N DsrC, 500 mM NaCl, 50 mM sodium phosphate, 5 mM DTT90% H2O/10% D2O
21 mM U-13C, 15N DsrC, 500 mM NaCl, 50 mM sodium phosphate, 5 mM DTT100% D2O
試料状態イオン強度: 500 mM NaCl / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLORNIH-XplorBrunger,Clore,Kuszewski,Schwieters,Tjandra精密化
Sparky3.106T.D. Goddard, D.G. Knellerデータ解析
AutoStructure2.1.0G.T. Montelione, J.Y. Huang構造決定
TALOS2003G. Cornilescu, F. Delaglio, A. Baxデータ解析
代表構造選択基準: low energy, few violations, close to average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: low energy structures with fewest restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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