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万見
- PDB-1ywl: Solution NMR structure of the protein EF2693 from E. faecalis: No... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ywl
タイトルSolution NMR structure of the protein EF2693 from E. faecalis: Northeast Structural Genomics Consortium target EFR36
要素Hypothetical UPF0213 protein EF2693
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Alpha and beta / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Protein Structure Initiative (PSI)
機能・相同性GIY-YIG endonuclease / GIY-YIG endonuclease / GIY-YIG endonuclease / GIY-YIG catalytic domain / GIY-YIG domain profile. / GIY-YIG endonuclease superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / UPF0213 protein EF_2693
機能・相同性情報
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics simulated annealing
データ登録者Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of the protein EF2693 from E. faecalis: Northeast Structural Genomics Consortium target EFR36
著者: Swapna, G.V.T. / Bhattacharya, A. / Aramini, J.M. / Acton, T.B. / Ma, L. / Xiao, R. / Shastry, R. / Shih, L. / Cunningham, K.E. / Montelione, G.T.
履歴
登録2005年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical UPF0213 protein EF2693


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5021
ポリマ－11,5021
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 56Structures with lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical UPF0213 protein EF2693


分子量: 11502.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: EF2693 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMgK / 参照: UniProt: Q830S9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. Automatic backbone resonance assignments were made using AutoAssign. Side-chain assignments were made manually. Automatic ...Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. Automatic backbone resonance assignments were made using AutoAssign. Side-chain assignments were made manually. Automatic NOE assignments were made using AutoStructure. Dihedral angle restraints were made using Hyper and Talos. The SPINS database software was used as an integrating agent. PSVS was used to validate structure quality.

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試料調製

詳細内容: 5% D2O, 0.02% NaN3, 10mM DTT, 5mM CaCl2, 100mM NaCl, 20mM MES, 5 % D20, 95 % H20
溶媒系: 5 % D20, 95 % H20
試料状態イオン強度: 100 mM NaCl, 5 mM CaCl2 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Guentert, et al精密化
AutoStructure2.0.0Huang構造決定
AutoAssign1.14Moseley, et alデータ解析
NMRPipe2.1Delaglio, et al解析
VNMR6.1BVariancollection
XwinNMR3.5Brukercollection
PdbStat4.01Tejero and Montelione構造決定
HYPER3.2Tejero and Montelione構造決定
TALOS2.1Cornilescu, et al構造決定
SPINS5Baranデータ解析
PSVS1Bhattacharya精密化
精密化手法: torsion angle dynamics simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 912 conformationally-restricting noe-derived distance restraints, 216 dihedral restraints and 54 hydrogen bond restraints.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Structures with lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 56 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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