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万見
- PDB-1yve: ACETOHYDROXY ACID ISOMEROREDUCTASE COMPLEXED WITH NADPH, MAGNESIU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yve
タイトルACETOHYDROXY ACID ISOMEROREDUCTASE COMPLEXED WITH NADPH, MAGNESIUM AND INHIBITOR IPOHA (N-HYDROXY-N-ISOPROPYLOXAMATE)
要素ACETOHYDROXY ACID ISOMEROREDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / BRANCHED-CHAIN AMINO ACID BIOSYNTHESIS / MAGNESIUM / NADP / CHLOROPLAST / TRANSIT PEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / NADPH binding / chloroplast / magnesium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Ketol-acid reductoisomerase, plant / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal / Ketol-acid reductoisomerase / Ketol-acid reductoisomerase, N-terminal / Acetohydroxy acid isomeroreductase, catalytic domain / Acetohydroxy acid isomeroreductase, NADPH-binding domain / KARI N-terminal domain profile. / KARI C-terminal domain profile. / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 ...Ketol-acid reductoisomerase, plant / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal / Ketol-acid reductoisomerase / Ketol-acid reductoisomerase, N-terminal / Acetohydroxy acid isomeroreductase, catalytic domain / Acetohydroxy acid isomeroreductase, NADPH-binding domain / KARI N-terminal domain profile. / KARI C-terminal domain profile. / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-HYDROXY-N-ISOPROPYLOXAMIC ACID / Chem-NDP / Ketol-acid reductoisomerase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Biou, V. / Dumas, R. / Cohen-Addad, C. / Douce, R. / Job, D. / Pebay-Peyroula, E.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1997
タイトル: The crystal structure of plant acetohydroxy acid isomeroreductase complexed with NADPH, two magnesium ions and a herbicidal transition state analog determined at 1.65 A resolution.
著者: Biou, V. / Dumas, R. / Cohen-Addad, C. / Douce, R. / Job, D. / Pebay-Peyroula, E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Data for Acetohydroxy Acid Isomeroreductase from Spinacia Oleracea
著者: Dumas, R. / Job, D. / Douce, R. / Pebay-Peyroula, E. / Cohen-Addad, C.
履歴
登録1996年10月11日処理サイト: BNL
改定 1.01997年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: ACETOHYDROXY ACID ISOMEROREDUCTASE
J: ACETOHYDROXY ACID ISOMEROREDUCTASE
K: ACETOHYDROXY ACID ISOMEROREDUCTASE
L: ACETOHYDROXY ACID ISOMEROREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,05323
ポリマ－228,1824
非ポリマー3,87119
水32,2291789
1
I: ACETOHYDROXY ACID ISOMEROREDUCTASE
J: ACETOHYDROXY ACID ISOMEROREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,29911
ポリマ－114,0912
非ポリマー1,2089
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8280 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area34230 Å2
手法PISA
2
K: ACETOHYDROXY ACID ISOMEROREDUCTASE
L: ACETOHYDROXY ACID ISOMEROREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,75412
ポリマ－114,0912
非ポリマー2,66310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8130 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area34090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.430, 61.940, 162.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.0147, 0.426, -0.9046), (0.4399, -0.8097, -0.3884), (-0.8979, -0.4036, -0.1755)56.6408, 20.2801, 71.6206
2given(0.0146, -0.4297, 0.9028), (0.8108, -0.5234, -0.2622), (0.5852, 0.7358, 0.3408)-3.5034, 3.2311, 3.3305
3given(-1, 0.0038, -0.0006), (0.0036, 0.8876, -0.4606), (-0.0012, -0.4606, -0.8876)53.0105, 18.4141, 76.5397

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 IJKL

#1: タンパク質
ACETOHYDROXY ACID ISOMEROREDUCTASE / KETOACID REDUCTOISOMERASE


分子量: 57045.543 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
遺伝子: CDNA FROM ACETOHYDROXY ACID / Organelle: PLASTIDS / プラスミド: PKK223.3
遺伝子 (発現宿主): CDNA FROM ACETOHYDROXY ACID ISOMEROREDUCTASE
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q01292, ketol-acid reductoisomerase (NADP+)

-
非ポリマー , 5種, 1808分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#5: 化合物
ChemComp-HIO / N-HYDROXY-N-ISOPROPYLOXAMIC ACID / N-イソプロピル-N-ヒドロキシオキサミド酸


分子量: 147.129 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1789 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
解説: TEMPERATURE OF DATA COLLECTION : 100K CRYSTAL WAS FLASH FROZEN IN 20% GLYCEROL/MOTHER LIQUOR SOLUTION.
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.2 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11.8 Mammonium sulfate11
20.1 MTris-HCl11
3IpOHA11
4NADPH1110 ligand molecules/enzyme monomer
511100 ions/enzyme monomerMgCl2

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月12日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 242843 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.99 % / Rmerge(I) obs: 0.064

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.65→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rfree0.239 -
Rwork0.197 -
obs0.197 241827
原子変位パラメータBiso mean: 18.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.4893 Å20 Å20 Å2
2--3.6525 Å20 Å2
3---4.3493 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15697 0 242 1790 17729
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.51.4389
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it21.6201
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM_LIG.DATTOPO_LIG.DAT
X-RAY DIFFRACTION2PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.71
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg20.91
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg3.12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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