PDB-1yv5: Human farnesyl diphosphate synthase complexed with Mg and risedronate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yv5

タイトル

Human farnesyl diphosphate synthase complexed with Mg and risedronate

要素

Farnesyl pyrophosphate synthetase

キーワード

TRANSFERASE / isoprenoid pathway / cholesterol synthesis / bisphosphonate / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / Cholesterol biosynthesis / geranyltranstransferase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kavanagh, K.L. / Guo, K. / Von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / Edwards, A. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006
タイトル: The molecular mechanism of nitrogen-containing bisphosphonates as antiosteoporosis drugs.
著者: Kavanagh, K.L. / Guo, K. / Dunford, J.E. / Wu, X. / Knapp, S. / Ebetino, F.H. / Rogers, M.J. / Russell, R.G. / Oppermann, U.

履歴

登録	2005年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Structure summary / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1yv5.cif.gz	86.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1yv5.ent.gz	62.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1yv5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1yv5_validation.pdf.gz	1003.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1yv5_full_validation.pdf.gz	1006.1 KB	表示
XML形式データ	1yv5_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	1yv5_validation.cif.gz	20.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/1yv5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/1yv5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zw5C 1ubvS 1yq7 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hn7-2 4h5e-1 4kqs-1 4h5d-1 6b04-2 2opn-1 4h5c-1 5cg6-1 3n45-1 2f94-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Farnesyl pyrophosphate synthetase

ヘテロ分子

43.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Farnesyl pyrophosphate synthetase

ヘテロ分子

A: Farnesyl pyrophosphate synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.946, 110.946, 70.264
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Farnesyl pyrophosphate synthetase / FPP synthetase / FPS / Farnesyl diphosphate synthetase / Geranyltranstransferase 分子量: 43013.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDPS / プラスミド: pET11 derivative / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P14324, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-RIS / 1-HYDROXY-2-(3-PYRIDINYL)ETHYLIDENE BIS-PHOSPHONIC ACID / Risedronate / リセドロナ-ト分子量: 283.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁NO₇P₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 40% PEG 300, 0.1M phosphate-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.16 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月29日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.16 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→70.2 Å / Num. all: 30242 / Num. obs: 30212 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 34.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.092 / R_sym value: 0.092
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 8.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4319 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UBV

1ubv

解像度: 2→52.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 11.697 / SU ML: 0.158 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, Restraints on magnesium to oxygen distances have been used, DENSITY NEAR THE N- AND C-TERMINI AND THE SIDE-CHAIN OF RESIDUE 34 WAS NOT ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24888	1529	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20549	-	-	-
all	0.20765	28656	-	-
obs	0.20765	28467	99.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.087 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→52.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2650	0	30	82	2762

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2758
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2491
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.531	1.977	3739
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.824	3	5762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.484	5	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.077	24.48	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.515	15	455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.511	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	416
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3049
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	563
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	643
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	2423
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.195	0.2	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.142	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.163	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.151	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.132	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.122	3	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.54	3	683
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.248	5	2699
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.361	7	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.838	11	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.349	96	-
R_work	0.298	2098	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 9.7683 Å / Origin y: 30.1995 Å / Origin z: -7.1343 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1019 Å²	0.0121 Å²	-0.0255 Å²	-	-0.0899 Å²	-0.0057 Å²	-	-	-0.1783 Å²
L	2.2139 °²	-0.0305 °²	0.4095 °²	-	1.5406 °²	-0.2513 °²	-	-	0.6826 °²
S	0.0061 Å °	-0.1069 Å °	0.0058 Å °	0.0044 Å °	0.0459 Å °	0.3184 Å °	-0.034 Å °	-0.0651 Å °	-0.0519 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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