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- PDB-1yug: TYPE ALPHA TRANSFORMING GROWTH FACTOR, NMR, 15 MODELS AFTER ECEPP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yug
タイトルTYPE ALPHA TRANSFORMING GROWTH FACTOR, NMR, 15 MODELS AFTER ECEPP/3 ENERGY MINIMIZATION
要素TRANSFORMING GROWTH FACTOR ALPHA
キーワードGROWTH FACTOR / EGF-LIKE DOMAIN STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


hepatocyte proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / epidermal growth factor receptor binding / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / ERBB2-EGFR signaling pathway / Signaling by EGFR / positive regulation of cell division ...hepatocyte proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / epidermal growth factor receptor binding / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / ERBB2-EGFR signaling pathway / Signaling by EGFR / positive regulation of cell division / mammary gland alveolus development / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / GAB1 signalosome / GRB2 events in EGFR signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / SHC1 events in EGFR signaling / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of mitotic nuclear division / EGFR downregulation / positive regulation of epithelial cell proliferation / growth factor activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / PIP3 activates AKT signaling / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / basolateral plasma membrane / Estrogen-dependent gene expression / Extra-nuclear estrogen signaling / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / receptor ligand activity / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Laminin / Laminin / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protransforming growth factor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Moy, F.J. / Montelione, G.T. / Scheraga, H.A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Solution structure of human type-alpha transforming growth factor determined by heteronuclear NMR spectroscopy and refined by energy minimization with restraints.
著者: Moy, F.J. / Li, Y.C. / Rauenbuehler, P. / Winkler, M.E. / Scheraga, H.A. / Montelione, G.T.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1995
タイトル: Crankshaft Motions of the Polypeptide Backbone in Molecular Dynamics Simulations of Human Type-Alpha Transforming Growth Factor
著者: Fadel, A.R. / Jin, D.Q. / Montelione, G.T. / Levy, R.M.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Human Type-Alpha Transforming Growth Factor Undergoes Slow Conformational Exchange between Multiple Backbone Conformations as Characterized by Nitrogen-15 Relaxation Measurements
著者: Li, Y.C. / Montelione, G.T.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1989
タイトル: Sequence-Specific 1H-NMR Assignments and Identification of Two Small Antiparallel Beta-Sheets in the Solution Structure of Recombinant Human Transforming Growth Factor Alpha
著者: Montelione, G.T. / Winkler, M.E. / Burton, L.E. / Rinderknecht, E. / Sporn, M.B. / Wagner, G.
履歴
登録1996年4月1日処理サイト: BNL
改定 1.01996年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSFORMING GROWTH FACTOR ALPHA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5601
ポリマ－5,5601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TRANSFORMING GROWTH FACTOR ALPHA / TGF-ALPHA / H-TGF-ALPHA


分子量: 5560.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HUMAN TGF-ALPHA 1YUG / プラスミド: PTE5 / 遺伝子 (発現宿主): HUMAN TGF-ALPHA 1YUG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01135
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

NMR software名称: ECEPP/3 / 開発者: NEMETHY, SCHERAGA, ET AL. / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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