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万見
- PDB-1yue: Bacteriophage T4 capsid vertex protein gp24 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yue
タイトルBacteriophage T4 capsid vertex protein gp24
要素Head vertex protein Gp24
キーワードVIRAL PROTEIN / gp24 / bacteriophage T4 / capsid protein / vertex / bacteriophage / virus / HK97 / MAD
機能・相同性
機能・相同性情報


Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) - #40 / hypothetical protein PF0899 fold - #40 / Capsid vertex protein / Major capsid protein Gp23 / Capsid protein, T4-like bacteriophage-like / hypothetical protein PF0899 fold / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Ribbon / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid vertex protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Fokine, A. / Leiman, P.G. / Shneider, M.M. / Ahvazi, B. / Boeshans, K.M. / Steven, A.C. / Black, L.W. / Mesyanzhinov, V.V. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Structural and functional similarities between the capsid proteins of bacteriophages T4 and HK97 point to a common ancestry.
著者: Fokine, A. / Leiman, P.G. / Shneider, M.M. / Ahvazi, B. / Boeshans, K.M. / Steven, A.C. / Black, L.W. / Mesyanzhinov, V.V. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2005年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Head vertex protein Gp24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2731
ポリマ－47,2731
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.614, 107.614, 82.636
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Head vertex protein Gp24


分子量: 47273.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: 24 / プラスミド: pET-23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P19896

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES-Na pH 7.5; 10% v/v isopropanol; 0.2 M Sodium Citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 14-BM-C10.9
シンクロトロンAPS 14-BM-D20.9414, 0.9791, 0.9794, 1.088
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2004年6月24日
ADSC QUANTUM 3152CCD2004年6月24日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
20.94141
30.97911
40.97941
51.0881
反射解像度: 2.9→35 Å / Num. all: 164088 / Num. obs: 11621 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 108 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 24.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→35 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: High values of atomic B factors reflect the disorder of the crystal. The mosaisity was ~1.5 deg
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 586 -random
Rwork0.27 ---
all-12169 --
obs-11621 97.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: Flat Model / Bsol: 48.1183 Å2 / ksol: 0.30571 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 108.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.775 Å223.756 Å20 Å2
2--14.775 Å20 Å2
3----29.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.63 Å0.52 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.87 Å0.69 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3028 0 0 0 3028
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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