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- PDB-1yu6: Crystal Structure of the Subtilisin Carlsberg:OMTKY3 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yu6
タイトルCrystal Structure of the Subtilisin Carlsberg:OMTKY3 Complex
要素
  • Ovomucoid
  • Subtilisin Carlsberg
キーワードHYDROLASE / protein proteinase inhibitor / protease
機能・相同性
機能・相同性情報


subtilisin / molecular function inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I1, Kazal-type, metazoa / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Kazal type serine protease inhibitors / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Kazal domain superfamily ...Proteinase inhibitor I1, Kazal-type, metazoa / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Kazal type serine protease inhibitors / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / : / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Subtilisin Carlsberg / Ovomucoid
類似検索 - 構成要素
生物種Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Maynes, J.T. / Cherney, M.M. / Qasim, M.A. / Laskowski Jr., M. / James, M.N.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of the subtilisin Carlsberg-OMTKY3 complex reveals two different ovomucoid conformations.
著者: Maynes, J.T. / Cherney, M.M. / Qasim, M.A. / Laskowski Jr, M. / James, M.N.
履歴
登録2005年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Subtilisin Carlsberg
B: Subtilisin Carlsberg
C: Ovomucoid
D: Ovomucoid
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,3106
ポリマ－95,2304
非ポリマー802
水5,927329
1
A: Subtilisin Carlsberg
C: Ovomucoid
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6553
ポリマ－47,6152
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11960 Å2
手法PISA
2
B: Subtilisin Carlsberg
D: Ovomucoid
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6553
ポリマ－47,6152
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.256, 100.971, 115.785
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細Two biological units are in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Subtilisin Carlsberg


分子量: 27437.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus licheniformis (バクテリア) / 参照: UniProt: P00780, subtilisin
#2: タンパク質 Ovomucoid


分子量: 20177.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68390
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 10% ethylene glycol, 480 mM sodium malate, 75 mM sodium citrate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月31日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→74.54 Å / Num. all: 88530 / Num. obs: 88530 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.266 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 3.21 / Num. unique all: 7071 / % possible all: 77.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VSB and 1CHO

1vsb

1cho


解像度: 1.55→74.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 1.382 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20518 4428 5 %RANDOM
Rwork0.19129 ---
all0.19199 88530 --
obs0.19199 84093 85.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.112 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20 Å20 Å2
2---0.78 Å20 Å2
3---0.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.08 Å0.085 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→74.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4607 0 2 329 4938
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0214693
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0110.024099
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5981.9456396
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.15239558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5875645
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02883
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.3977
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2020.34868
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.52754
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.5428
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0870.59
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1170.310
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.180.355
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2050.533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5511.53191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.06125069
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.92931502
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1894.51327
LS精密化 シェル解像度: 1.499→1.538 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 116 -
Rwork0.211 2057 -
obs-2173 77.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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