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- PDB-1yty: Structural basis for recognition of UUUOH 3'-terminii of nascent ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yty
タイトルStructural basis for recognition of UUUOH 3'-terminii of nascent RNA pol III transcripts by La autoantigen
要素
  • 5'-R(*UP*GP*CP*UP*GP*UP*UP*UP*U)-3'
  • Lupus La protein
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / Protein-RNA complex / TRANSCRIPTION-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear histone mRNA catabolic process / histone mRNA metabolic process / tRNA 3'-end processing / protein localization to cytoplasmic stress granule / RNA Polymerase III Transcription Termination / IRES-dependent viral translational initiation / tRNA export from nucleus / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / tRNA 5'-leader removal / tRNA modification ...nuclear histone mRNA catabolic process / histone mRNA metabolic process / tRNA 3'-end processing / protein localization to cytoplasmic stress granule / RNA Polymerase III Transcription Termination / IRES-dependent viral translational initiation / tRNA export from nucleus / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / tRNA 5'-leader removal / tRNA modification / sequence-specific mRNA binding / poly(U) RNA binding / tRNA processing / positive regulation of translation / cytoplasmic stress granule / tRNA binding / chromosome, telomeric region / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA binding motif / Lupus La protein / La protein, xRRM domain / xRRM domain profile. / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / RRM (RNA recognition motif) domain ...RNA binding motif / Lupus La protein / La protein, xRRM domain / xRRM domain profile. / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / RRM (RNA recognition motif) domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Lupus La protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Teplova, M. / Yuan, Y.R. / Ilin, S. / Malinina, L. / Phan, A.T. / Teplov, A. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Structural Basis for Recognition and Sequestration of UUU(OH) 3' Temini of Nascent RNA Polymerase III Transcripts by La, a Rheumatic Disease Autoantigen.
著者: Teplova, M. / Yuan, Y.R. / Phan, A.T. / Malinina, L. / Ilin, S. / Teplov, A. / Patel, D.J.
履歴
登録2005年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-R(*UP*GP*CP*UP*GP*UP*UP*UP*U)-3'
D: 5'-R(*UP*GP*CP*UP*GP*UP*UP*UP*U)-3'
A: Lupus La protein
B: Lupus La protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4784
ポリマ－51,4784
非ポリマー00
水2,324129
1
C: 5'-R(*UP*GP*CP*UP*GP*UP*UP*UP*U)-3'
A: Lupus La protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7392
ポリマ－25,7392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 5'-R(*UP*GP*CP*UP*GP*UP*UP*UP*U)-3'
B: Lupus La protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7392
ポリマ－25,7392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)153.690, 54.001, 56.684
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: ASN / End label comp-ID: PHE / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 7 - 189 / Label seq-ID: 7 - 189

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AC
2BD
詳細Monomer. There are two copies at one asymmetric unit related by NCS 2-fold axis

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*UP*GP*CP*UP*GP*UP*UP*UP*U)-3'


分子量: 2787.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Lupus La protein / Sjogren syndrome type B antigen / SS-B / La ribonucleoprotein / La autoantigen


分子量: 22951.543 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 1-194 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SSB / プラスミド: modified pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05455
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 3350, lithium sulfate, potassium chloride, acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2lithium sulfate11
3potassium chloride11
4acetate11
5H2O11
6PEG 335012
7lithium sulfate12
8potassium chloride12
9acetate12
10H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 20734 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rsym value: 0.148
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.451 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.29→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 15.38 / SU ML: 0.194 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28829 1114 5.1 %RANDOM
Rwork0.21866 ---
obs0.22213 20734 99.51 %-
all-20734 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.661 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.91 Å20 Å20 Å2
2---1.03 Å20 Å2
3----0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3038 366 0 129 3533
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223502
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7262.1094787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2035365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.97224.967151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.74815617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1761516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2543
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022462
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.21361
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22337
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2430.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1930.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9291.51910
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47122986
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.32831898
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5714.51801
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1515 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.370.5
medium thermal0.942
LS精密化 シェル解像度: 2.292→2.352 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 92 -
Rwork0.217 1413 -
obs--93.71 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 39.9977 Å / Origin y: -2.3111 Å / Origin z: -42.4449 Å
111213212223313233
T-0.0332 Å2-0.0188 Å2-0.0015 Å2--0.0971 Å20.0036 Å2---0.1334 Å2
L1.1668 °2-0.6687 °20.0428 °2-0.8005 °2-0.0535 °2--0.3996 °2
S-0.0033 Å °0.0661 Å °-0.0691 Å °-0.0513 Å °0.0076 Å °0.0295 Å °0.011 Å °0.0043 Å °-0.0043 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC6 - 1886 - 188
2X-RAY DIFFRACTION1BD7 - 1887 - 188
3X-RAY DIFFRACTION1CA1 - 91 - 9
4X-RAY DIFFRACTION1DB1 - 91 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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