PDB-1ytl: Crystal Structure of Acetyl-CoA decarboxylase/synthase complex ep...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ytl

タイトル

Crystal Structure of Acetyl-CoA decarboxylase/synthase complex epsilon subunit 2

要素

Acetyl-CoA decarboxylase/synthase complex epsilon subunit 2

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Acetyl-CoA decarboxylase-synthase complex / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

methanogenesis, from acetate / CO dehydrogenase beta subunit/acetyl-CoA synthase epsilon subunit / CO dehydrogenase beta subunit/acetyl-CoA synthase epsilon subunit / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit epsilon 2

機能・相同性情報

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Chang, C. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Acetyl-CoA decarboxylase/synthase complex epsilon subunit 2 from Archaeoglobus fulgidus
著者: Chang, C. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2005年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	1ytl_full_validation.pdf.gz	462.4 KB	表示
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CIF形式データ	1ytl_validation.cif.gz	45 KB	表示
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関連構造データ

類似構造データ	5m3i-1 3vko-1 5vau-4 3me8-2 3zln-d 4dgc-4 3drn-2 6ssc-d 3me7-2 1cwl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
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登録構造単位

A: Acetyl-CoA decarboxylase/synthase complex epsilon subunit 2

B: Acetyl-CoA decarboxylase/synthase complex epsilon subunit 2

C: Acetyl-CoA decarboxylase/synthase complex epsilon subunit 2

D: Acetyl-CoA decarboxylase/synthase complex epsilon subunit 2

78.4 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Acetyl-CoA decarboxylase/synthase complex epsilon subunit 2

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2

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3

C: Acetyl-CoA decarboxylase/synthase complex epsilon subunit 2

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4

D: Acetyl-CoA decarboxylase/synthase complex epsilon subunit 2

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単位格子

Length a, b, c (Å)	36.664, 61.944, 71.198
Angle α, β, γ (deg.)	93.92, 103.64, 94.14
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Acetyl-CoA decarboxylase/synthase complex epsilon subunit 2 / ACIDS complex epsilon subunit 2 分子量: 19595.760 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: cdhB2 / プラスミド: pMCSG / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O30273
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Acetyl-CoA decarboxylase/synthase complex epsilon subunit 2 / ACIDS complex epsilon subunit 2

分子量: 19595.760 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: cdhB2 / プラスミド: pMCSG / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O30273

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.8 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: MgCl, Tris Cl, PEG 5K MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97937 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月22日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 56229 / Num. obs: 51787 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.047
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.567 / % possible all: 72.7

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 9.163 / SU ML: 0.133 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21408	2629	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17084	-	-	-
all	0.17306	49064	-	-
obs	0.17306	49064	92.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.903 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0.05 Å²	0.2 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0.03 Å²
3-	-	-	0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5027	0	0	500	5527

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	5218
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.808	1.977	7050
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.881	5	629
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.917	24.766	235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.669	15	974
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.912	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.132	0.2	785
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3866
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	3479
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	420
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.229	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.189	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.033	1.5	3291
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.394	2	5079
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.514	3	2250
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.601	4.5	1970
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.433	142	-
R_work	0.369	2844	-
obs	-	-	71.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.8404	1.2889	11.1152	10.2327	8.4423	57.7533	-0.2446	0.4136	0.3283	-0.1311	-0.0232	-0.9148	-1.3445	1.5301	0.2678	-0.0398	-0.1108	0.091	-0.1221	0.0328	-0.0007	13.676	60.161	25.553
2	7.495	-7.6027	4.62	13.5475	-5.4381	6.9082	0.1443	0.0824	-0.0366	-0.5371	-0.1823	-0.7093	0.1733	0.8401	0.038	-0.0223	0.0299	0.15	-0.0444	-0.0051	-0.0436	12.202	47.676	19.076
3	6.9956	-7.6628	-0.5658	14.7142	0.0382	3.6854	0.1423	0.3073	0.1818	-0.1836	-0.3045	-0.2271	0.1539	0.0958	0.1622	0.0136	-0.0197	0.058	-0.1451	-0.0251	-0.1348	1.69	46.397	28.102
4	12.6393	-17.0634	12.3953	29.7213	-34.8321	61.1511	0.1272	0.1724	-0.7384	0.3048	0.1474	-0.4026	0.2933	1.1519	-0.2746	0.0332	-0.0701	0.0207	-0.0399	-0.0453	-0.0935	-7.583	57.332	23.951
5	5.6894	-7.2825	-1.0659	17.5226	3.0476	2.7289	-0.0602	0.2106	-0.3783	-0.3726	-0.1119	0.7692	0.1946	0.136	0.1721	0.0385	-0.0172	0.0388	-0.0633	-0.0364	-0.1427	-4.32	49.644	18.098
6	5.828	-0.3425	0.9153	8.1222	0.0691	0.1456	-0.056	-0.2357	-0.1946	-0.1211	-0.1512	0.387	0.0099	0.0998	0.2072	0.089	-0.0119	0.041	-0.183	-0.0221	-0.1045	-2.671	44.882	28.148
7	12.813	-2.9452	4.7239	6.5656	1.0944	9.7316	0.163	-0.1337	0.0039	-0.1302	-0.4268	0.1849	0.2339	-0.8559	0.2638	-0.0058	-0.0237	0.0773	-0.0703	-0.0205	0.1172	-13.032	47.799	25.488
8	4.5389	2.6019	2.4355	12.9481	1.4246	5.386	0.0931	-0.0229	-0.1327	-0.334	-0.0903	0.7874	0.367	-0.858	-0.0028	0.0651	0.0066	0.085	-0.1158	-0.0378	-0.0095	-8.325	41.68	28.255
9	18.9147	-11.1197	0.679	14.7344	1.7105	5.5373	-0.3745	-0.5883	-0.0515	1.5635	0.1228	0.1961	0.5885	-0.4513	0.2517	0.2852	-0.0984	0.0653	-0.1082	0.0009	-0.177	1.379	44.634	40.521
10	22.4068	5.8156	-2.1627	17.4092	6.3443	9.0262	-0.2703	-0.2607	-1.6351	2.0753	0.5998	0.6364	-0.0183	-0.2284	-0.3295	0.3655	0.0106	0.0014	-0.1616	0.0351	-0.1116	4.45	36.677	37.204
11	2.5764	0.1148	-0.4362	6.8875	-6.2301	5.6783	-0.0836	0.3658	-0.2018	0.7132	0.1278	0.1566	0.32	0.3919	-0.0441	0.1247	0.028	0.0354	-0.105	-0.0275	-0.0067	4.979	35.58	31.842
12	19.1807	-12.647	-2.0726	10.4795	2.6358	1.4819	0.0779	-0.3219	0.1066	0.0723	-0.1203	0.0307	0.0803	0.1251	0.0424	0.0364	-0.0406	0.0592	-0.1166	-0.0009	-0.113	3.43	50.722	29.65
13	11.375	-8.2283	7.6238	15.0885	-6.1379	5.8878	-0.0543	-0.4231	-0.1014	1.0309	-0.0217	-0.032	-0.4233	0.0047	0.076	0.1165	-0.0827	0.0582	-0.0941	-0.0163	-0.1663	6.313	54.136	39.252
14	5.7685	-3.5024	2.1453	8.6457	-1.3623	3.2954	0.3128	0.0926	-0.0355	-0.4036	-0.2911	-0.2284	0.469	0.2028	-0.0217	0.0044	-0.046	0.0471	-0.1009	-0.0001	-0.1054	7.619	52.289	29.425
15	4.3191	-5.4783	0.4076	10.8831	-0.981	8.5417	-0.0613	-0.512	0.1606	0.054	0.0453	-0.6174	0.1319	-0.2063	0.0159	0.054	-0.067	0.0194	-0.1209	-0.003	-0.0821	7.877	59.957	32.035
16	6.8313	-6.5205	4.1249	8.5816	-3.2235	4.2205	0.0719	-0.0892	0.4422	-0.1529	-0.1053	-0.5887	-0.3634	0.1574	0.0334	0.0717	-0.0402	0.0765	-0.1339	0.0089	-0.0661	4.966	64.107	25.007
17	6.6698	-2.755	-3.4048	10.3707	3.6831	8.4305	0.2644	0.4157	0.1418	-0.658	-0.3689	-0.0716	-0.5378	0.0886	0.1045	0.0722	-0.03	0.0566	-0.0727	0.0144	-0.1601	2.969	57.373	15.838
18	14.8972	2.632	3.9201	12.342	10.7719	16.7934	-0.1632	-0.4156	-0.3034	0.3259	-0.2135	0.8536	1.1659	-0.6428	0.3767	-0.0264	-0.0438	0.0958	-0.1419	-0.0488	-0.0059	-20.506	9.409	30.394
19	5.6408	-2.4546	-1.4472	25.144	2.2485	3.4203	0.1027	0.2322	0.0386	-0.4444	-0.0169	1.2219	0.0852	-0.6794	-0.0858	0.0074	0.033	-0.0843	0.0228	0.041	0.0233	-20.641	21.64	23.688
20	3.7314	-2.8612	-0.1973	6.4974	0.2256	0.5082	-0.1501	-0.0858	-0.0738	0.3012	0.1648	0.2926	-0.1468	-0.0048	-0.0147	0.0789	0.0141	0.0431	-0.1304	0.0092	-0.1076	-8.373	23.353	29.889
21	5.6691	-8.6588	2.231	35.6476	25.1487	37.2459	0.0813	-0.191	-0.3422	0.6442	-0.3182	1.5555	-0.5502	-0.3208	0.2369	0.0232	0.0219	0.0535	-0.1526	0.0092	-0.0545	-0.09	12.287	23.621
22	5.1929	-4.7865	0.9875	11.073	-1.3441	0.2161	0.2072	0.0624	-0.0269	-0.7639	-0.0397	-0.0184	-0.2365	-0.1936	-0.1675	0.1897	0.0388	0.0514	-0.0336	0.0138	-0.1971	-4.847	19.82	18.595
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65	3.249	5.7264	3.093	18.5395	6.466	7.0466	0.2154	-0.0484	0.1058	0.0446	-0.3215	0.3136	0.2434	-0.2623	0.1062	0.0068	0.0498	0.0489	-0.1467	0.0004	-0.0878	-17.068	58.335	-8.076
66	3.3939	6.4559	-1.142	13.7409	-1.312	6.9596	0.0707	0.1368	0.0583	-0.8063	0.0429	0.1174	-0.335	0.1712	-0.1136	0.02	0.0857	0.0202	-0.1363	0.0029	-0.041	-17.624	65.994	-10.675
67	1.4159	0.7253	1.5669	3.066	2.6416	2.9892	0.1189	-0.027	0.1713	-0.0277	-0.1427	0.4502	-0.0698	0.0216	0.0239	0.0968	0.014	0.0534	-0.0852	0.0057	0.0081	-17.048	70.279	-3.103
68	4.413	5.1794	-1.3033	17.7272	-4.0935	2.6089	0.3745	-0.3016	0.2385	0.8086	-0.4406	0.3344	-0.1843	0.0037	0.0661	0.0911	0.0078	0.1087	-0.0852	-0.034	-0.1135	-16.028	63.579	6.323

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	17 - 24	17 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	25 - 35	25 - 35
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	36 - 45	36 - 45
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	46 - 47	46 - 47
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	48 - 61	48 - 61
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	62 - 68	62 - 68
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	69 - 78	69 - 78
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	79 - 87	79 - 87
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	88 - 97	88 - 97
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	98 - 103	98 - 103
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	104 - 109	104 - 109
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	110 - 118	110 - 118
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	119 - 134	119 - 134
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	135 - 143	135 - 143
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	144 - 150	144 - 150
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	151 - 158	151 - 158
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	159 - 174	159 - 174
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	17 - 24	17 - 24
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	25 - 35	25 - 35
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	36 - 45	36 - 45
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	B	46 - 47	46 - 47
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	B	48 - 61	48 - 61
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	B	62 - 68	62 - 68
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	B	69 - 78	69 - 78
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	B	79 - 87	79 - 87
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	B	88 - 97	88 - 97
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	B	98 - 103	98 - 103
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	B	104 - 109	104 - 109
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	B	110 - 118	110 - 118
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	B	119 - 134	119 - 134
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	B	135 - 143	135 - 143
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	B	144 - 150	144 - 150
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	B	151 - 158	151 - 158
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	B	159 - 174	159 - 174
35	X-RAY DIFFRACTION	35	C	C	18 - 24	18 - 24
36	X-RAY DIFFRACTION	36	C	C	25 - 35	25 - 35
37	X-RAY DIFFRACTION	37	C	C	36 - 45	36 - 45
38	X-RAY DIFFRACTION	38	C	C	46 - 47	46 - 47
39	X-RAY DIFFRACTION	39	C	C	48 - 61	48 - 61
40	X-RAY DIFFRACTION	40	C	C	62 - 68	62 - 68
41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	C	69 - 78	69 - 78
42	X-RAY DIFFRACTION	42	C	C	79 - 87	79 - 87
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44	X-RAY DIFFRACTION	44	C	C	98 - 103	98 - 103
45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	C	104 - 109	104 - 109
46	X-RAY DIFFRACTION	46	C	C	110 - 118	110 - 118
47	X-RAY DIFFRACTION	47	C	C	119 - 134	119 - 134
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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