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- PDB-1yt5: Crystal structure of NAD kinase from Thermotoga maritima -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yt5
タイトルCrystal structure of NAD kinase from Thermotoga maritima
要素inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
キーワードTRANSFERASE / domain 1: alpha/beta domain2: beta sandwich / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Berkeley Structural Genomics Center / BSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ kinase / NADP biosynthetic process / NAD+ kinase activity / NAD metabolic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 2 / ATP-NAD kinase C-terminal domain / NAD kinase / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 / Sandwich ...Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 2 / ATP-NAD kinase C-terminal domain / NAD kinase / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Structure of a NAD kinase from Thermotoga maritima at 2.3 A resolution.
著者: Oganesyan, V. / Huang, C. / Adams, P.D. / Jancarik, J. / Yokota, H.A. / Kim, R. / Kim, S.H.
履歴
登録2005年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
B: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
C: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
D: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,85122
ポリマ－117,1224
非ポリマー1,72918
水2,162120
1
A: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
D: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,81015
ポリマ－58,5612
非ポリマー1,24913
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area23980 Å2
手法PISA
2
B: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
C: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0417
ポリマ－58,5612
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
D: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子

B: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
C: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,85122
ポリマ－117,1224
非ポリマー1,72918
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area14200 Å2
ΔGint-303 kcal/mol
Surface area40300 Å2
手法PISA
4
A: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
D: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子

B: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
C: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,85122
ポリマ－117,1224
非ポリマー1,72918
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area9200 Å2
ΔGint-307 kcal/mol
Surface area45290 Å2
手法PISA
5
A: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子

B: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,42611
ポリマ－58,5612
非ポリマー8659
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area22430 Å2
手法PISA
6
D: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子

C: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,42611
ポリマ－58,5612
非ポリマー8659
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area22360 Å2
手法PISA
7
A: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子

B: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,42611
ポリマ－58,5612
非ポリマー8659
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area2750 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area24560 Å2
手法PISA
8
D: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子

C: inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,42611
ポリマ－58,5612
非ポリマー8659
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area2630 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area24560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.448, 137.153, 58.253
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細bilogical assembly is probably tetramer

-
要素

#1: タンパク質
inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase / Poly(P)/ATP NAD kinase


分子量: 29280.578 Da / 分子数: 4 / 断片: NAD kinase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: ppnK / プラスミド: pB4.1316B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: Q9X255, NAD+ kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 30 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: Ammonium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月26日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→12 Å / Num. all: 44304 / Num. obs: 44304 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.3→2.358 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 4827 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXモデル構築
SOLVE位相決定
REFMAC5精密化
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→12 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 2361 -random
Rwork0.213 ---
all0.217 44304 --
obs0.217 44304 5.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å20 Å20 Å2
2--3.9 Å20 Å2
3----3.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.291 Å0.438 Å
Luzzati d res low-12 Å
Luzzati sigma a0.291 Å0.438 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8147 0 90 120 8357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined7.2
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.006
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.106
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.358 Å / Rfactor Rfree error: 0.012
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 158 -
Rwork0.235 --
obs-3053 87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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