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- PDB-1ysw: Solution structure of the anti-apoptotic protein Bcl-2 complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ysw
タイトルSolution structure of the anti-apoptotic protein Bcl-2 complexed with an acyl-sulfonamide-based ligand
要素Apoptosis regulator Bcl-2
キーワードAPOPTOSIS / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / channel inhibitor activity / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / regulation of glycoprotein biosynthetic process / melanin metabolic process / positive regulation of skeletal muscle fiber development / positive regulation of melanocyte differentiation ...negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / channel inhibitor activity / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / regulation of glycoprotein biosynthetic process / melanin metabolic process / positive regulation of skeletal muscle fiber development / positive regulation of melanocyte differentiation / myeloid cell apoptotic process / osteoblast proliferation / cochlear nucleus development / mesenchymal cell development / retinal cell programmed cell death / positive regulation of neuron maturation / negative regulation of osteoblast proliferation / gland morphogenesis / renal system process / regulation of cell-matrix adhesion / T cell apoptotic process / stem cell development / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / melanocyte differentiation / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / ear development / lymphoid progenitor cell differentiation / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / regulation of nitrogen utilization / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / B cell apoptotic process / negative regulation of T cell apoptotic process / glomerulus development / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / oocyte development / positive regulation of multicellular organism growth / metanephros development / neuron maturation / regulation of viral genome replication / negative regulation of motor neuron apoptotic process / focal adhesion assembly / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / negative regulation of ossification / negative regulation of B cell apoptotic process / response to UV-B / regulation of mitochondrial membrane permeability / response to iron ion / calcium ion transport into cytosol / channel activity / negative regulation of mitochondrial depolarization / motor neuron apoptotic process / axon regeneration / epithelial cell apoptotic process / smooth muscle cell migration / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / organ growth / digestive tract morphogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / hair follicle morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / : / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / B cell lineage commitment / pore complex / positive regulation of smooth muscle cell migration / B cell proliferation / T cell homeostasis / BH3 domain binding / regulation of calcium ion transport / B cell homeostasis / negative regulation of apoptotic signaling pathway / humoral immune response / negative regulation of anoikis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / Activation of BAD and translocation to mitochondria / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / behavioral fear response / cellular response to glucose starvation / skeletal muscle fiber development / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / ovarian follicle development / positive regulation of B cell proliferation / response to glucocorticoid / homeostasis of number of cells within a tissue / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / spleen development / reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of autophagy / negative regulation of cell migration / ossification / axonogenesis / release of cytochrome c from mitochondria / post-embryonic development
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x ...Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-43B / Apoptosis regulator Bcl-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Oltersdorf, T. / Elmore, S.W. / Shoemaker, A.R. / Armstrong, R.C. / Augeri, D.J. / Belli, B.A. / Bruncko, M. / Deckwerth, T.L. / Dinges, J. / Hajduk, P.J. ...Oltersdorf, T. / Elmore, S.W. / Shoemaker, A.R. / Armstrong, R.C. / Augeri, D.J. / Belli, B.A. / Bruncko, M. / Deckwerth, T.L. / Dinges, J. / Hajduk, P.J. / Joseph, M.K. / Kitada, S. / Korsmeyer, S.J. / Kunzer, A.R. / Letai, A. / Li, C. / Mitten, M.J. / Nettesheim, D.G. / Ng, S. / Nimmer, P.M. / O'Connor, J.M. / Oleksijew, A. / Petros, A.M. / Reed, J.C. / Shen, W. / Tahir, S.K. / Thompson, C.B. / Tomaselli, K.J. / Wang, B. / Wendt, M.D. / Zhang, H. / Fesik, S.W. / Rosenberg, S.H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: An inhibitor of Bcl-2 family proteins induces regression of solid tumours
著者: Oltersdorf, T. / Elmore, S.W. / Shoemaker, A.R. / Armstrong, R.C. / Augeri, D.J. / Belli, B.A. / Bruncko, M. / Deckwerth, T.L. / Dinges, J. / Hajduk, P.J. / Joseph, M.K. / Kitada, S. / ...著者: Oltersdorf, T. / Elmore, S.W. / Shoemaker, A.R. / Armstrong, R.C. / Augeri, D.J. / Belli, B.A. / Bruncko, M. / Deckwerth, T.L. / Dinges, J. / Hajduk, P.J. / Joseph, M.K. / Kitada, S. / Korsmeyer, S.J. / Kunzer, A.R. / Letai, A. / Li, C. / Mitten, M.J. / Nettesheim, D.G. / Ng, S. / Nimmer, P.M. / O'Connor, J.M. / Oleksijew, A. / Petros, A.M. / Reed, J.C. / Shen, W. / Tahir, S.K. / Thompson, C.B. / Tomaselli, K.J. / Wang, B. / Wendt, M.D. / Zhang, H. / Fesik, S.W. / Rosenberg, S.H.
履歴
登録2005年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQUENCE RESIDUES 49-88 (SEQUENCE DATABASE RESIDUES 45-84) ARE NOT PRESENT DUE TO A LOOP DELETION.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator Bcl-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8502
ポリマ－19,1551
非ポリマー6951
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis regulator Bcl-2


分子量: 19155.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2 / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10415
#2: 化合物 ChemComp-43B / 3-NITRO-N-{4-[2-(2-PHENYLETHYL)-1,3-BENZOTHIAZOL-5-YL]BENZOYL}-4-{[2-(PHENYLSULFANYL)ETHYL]AMINO}BENZENESULFONAMIDE


分子量: 694.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H30N4O5S3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 13C-edited 12C-filtered NOESY

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試料調製

詳細内容: 1 mM Bcl-2 U-15N,13C, 25 mM Deuterated TRIS, 1 mM deuterated dithiothreitol, 100% D2O
溶媒系: 100% D2O
試料状態イオン強度: 25 mM / pH: 8.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: Brunger / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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