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万見
- PDB-1ysp: Crystal structure of the C-terminal domain of E. coli transcripti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ysp
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of E. coli transcriptional regulator KdgR.
要素Transcriptional regulator kdgR
キーワードTRANSCRIPTION / transcriptional regulator / KdgR / IclR / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix isocitrate lyase regulation / Bacterial transcriptional regulator / Transcription regulator IclR, N-terminal / Transcription regulator IclR, C-terminal / IclR helix-turn-helix domain / IclR-type HTH domain profile. / IclR effector binding domain profile. / ArsR-like helix-turn-helix domain / GAF domain / GAF-like domain superfamily ...helix_turn_helix isocitrate lyase regulation / Bacterial transcriptional regulator / Transcription regulator IclR, N-terminal / Transcription regulator IclR, C-terminal / IclR helix-turn-helix domain / IclR-type HTH domain profile. / IclR effector binding domain profile. / ArsR-like helix-turn-helix domain / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator KdgR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bochkarev, A. / Lunin, V.V. / Ezersky, A. / Evdokimova, E. / Skarina, T. / Xu, X. / Borek, D. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural study of effector binding specificity in IclR transcriptional regulators
著者: Bochkarev, A. / Lunin, V.V. / Ezersky, A. / Evdokimova, E. / Skarina, T. / Xu, X. / Borek, D. / Savchenko, A.
履歴
登録2005年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年10月5日Group: Structure summary
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator kdgR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9392
ポリマ－20,8431
非ポリマー961
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Transcriptional regulator kdgR
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator kdgR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8784
ポリマ－41,6852
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area1630 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area16000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.540, 31.540, 37.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-180-

SO4

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator kdgR


分子量: 20842.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: kdgR / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P76268
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG8K, 0.1M NaCacodylate, o.2M (NH4)2SO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→76.7 Å / Num. all: 15893 / Num. obs: 15893 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / % possible all: 10.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
CrystalClearD*TREK (MSC/RIGAKU)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→76.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.237 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS WERE ADDED IN THE RIDING POSITIONS DURING REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25855 778 5.1 %RANDOM
Rwork0.21181 ---
obs0.21426 14434 90.63 %-
all-14424 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.196 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.86 Å20 Å20.94 Å2
2--1.69 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→76.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1314 0 5 125 1444
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221433
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6481.9791936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0215177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.79922.67671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.73715271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9071518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021072
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2684
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.2947
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.620.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.320.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3791.5905
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.16921401
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3273605
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6174.5532
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 26 -
Rwork0.302 531 -
obs--44.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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