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- PDB-1yrf: Chicken villin subdomain HP-35, N68H, pH6.7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yrf
タイトルChicken villin subdomain HP-35, N68H, pH6.7
要素Villin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / villin headpiece subdomain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of actin nucleation / cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / lysophosphatidic acid binding / regulation of lamellipodium morphogenesis / filopodium tip / positive regulation of actin filament bundle assembly / actin filament severing / regulation of wound healing / barbed-end actin filament capping / actin filament depolymerization ...regulation of actin nucleation / cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / lysophosphatidic acid binding / regulation of lamellipodium morphogenesis / filopodium tip / positive regulation of actin filament bundle assembly / actin filament severing / regulation of wound healing / barbed-end actin filament capping / actin filament depolymerization / actin filament capping / actin polymerization or depolymerization / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / actin filament bundle / microvillus / positive regulation of epithelial cell migration / ruffle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / actin filament polymerization / cellular response to epidermal growth factor stimulus / filopodium / response to bacterium / epidermal growth factor receptor signaling pathway / actin filament binding / lamellipodium / actin cytoskeleton / regulation of cell shape / positive regulation of cell migration / calcium ion binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Villin headpiece / Villin headpiece domain superfamily / Villin headpiece domain / Headpiece (HP) domain profile. / Villin headpiece domain / Gelsolin-like domain superfamily / Villin/Gelsolin / Gelsolin homology domain / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Villin-1
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.07 Å
データ登録者Chiu, T.K. / Kubelka, J. / Herbst-Irmer, R. / Eaton, W.A. / Hofrichter, J. / Davies, D.R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: High-resolution x-ray crystal structures of the villin headpiece subdomain, an ultrafast folding protein.
著者: Chiu, T.K. / Kubelka, J. / Herbst-Irmer, R. / Eaton, W.A. / Hofrichter, J. / Davies, D.R.
履歴
登録2005年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry ...database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Villin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2443
ポリマ－4,0891
非ポリマー1552
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.155, 32.155, 56.863
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-64-

TRP

21A-64-

TRP

31A-1049-

HOH

41A-1060-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Villin


分子量: 4088.751 Da / 分子数: 1 / 断片: VHP / 変異: N68H / 由来タイプ: 合成
詳細: Sequence corresponds to Chicken Villin residues 792-826
参照: UniProt: P02640
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.26 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.7
詳細: 1ul 100mg/ml peptide plus 1ul (200mM NaOAc, 2.2M AmSO4), pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 6.70

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.07→30 Å / Num. obs: 15545 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19.8 % / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 50.3
反射 シェル解像度: 1.07→1.11 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.423 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.07→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: INDIVIDUAL ANISOTROPIC B FOR ALL NONHYDROGENS, HYDROGEN ADDED AS 'RIDING HYDROGENS' SHELX: DEFS 0.02 0.1 0.02, SIMU 0.1, ISOR 0.03, WGHT 0.2, SWAT. THE SIDE-CHAIN OF TRP64 IS IN 2 ...詳細: INDIVIDUAL ANISOTROPIC B FOR ALL NONHYDROGENS, HYDROGEN ADDED AS 'RIDING HYDROGENS' SHELX: DEFS 0.02 0.1 0.02, SIMU 0.1, ISOR 0.03, WGHT 0.2, SWAT. THE SIDE-CHAIN OF TRP64 IS IN 2 CONFORMATIONS, THE FIRST CONFORMATION PARTIALLY OVERLAP EACH OTHER ON A 2-FOLD AXIS.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.161 622 RANDOM
obs0.155 --
all-15534 -
原子変位パラメータBiso mean: 18.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.07→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数639 0 31 61 731
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.1
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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