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- PDB-1yr2: Structural and Mechanistic Analysis of Two Prolyl Endopeptidases:... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yr2
タイトルStructural and Mechanistic Analysis of Two Prolyl Endopeptidases: Role of Inter-Domain Dynamics in Catalysis and Specificity
要素prolyl oligopeptidase
キーワードHYDROLASE / prolyl endopeptidase / mechanistic study / celiac sprue
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptidase activity / prolyl oligopeptidase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Prolyl oligopeptidase, N-terminal domain / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / 7 Propeller ...: / Prolyl oligopeptidase, N-terminal domain / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
prolyl oligopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Novosphingobium capsulatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Shan, L. / Mathews, I.I. / Khosla, C.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Structural and Mechanistic Analysis of Two Prolyl Endopeptidases: Role of Interdomain Dynamics in Catalysis and Specificity
著者: Shan, L. / Mathews, I.I. / Khosla, C.
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2004
タイトル: Comparative biochemical analysis of three bacterial prolyl endopeptidases: implications for celiac sprue
著者: Shan, L. / Marti, T. / Sollid, L.M. / Gray, G.M. / Khosla, C.
#2: ジャーナル: Science / 年: 2002
タイトル: Structural basis for gluten intolerance in Celiac Sprue
著者: Shan, L. / Molberg, O. / Parroit, I. / Hausch, F. / Filiz, F. / Gray, G.M. / Sollid, L.M. / Khosla, C.
#3: ジャーナル: CELL.MOL.LIFE SCI. / 年: 2002
タイトル: The prolyl oligopeptidase family
著者: Polgar, L.
履歴
登録2005年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE The conflict may be due to a different lab strain.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: prolyl oligopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8423
ポリマ－80,6581
非ポリマー1842
水11,890660
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.341, 91.224, 79.787
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 prolyl oligopeptidase / prolyl endopeptidases


分子量: 80657.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Novosphingobium capsulatum (バクテリア)
遺伝子: ATCC / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9ZNM8, prolyl oligopeptidase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 660 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: PEG 8000, Tris, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月11日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 68648 / Num. obs: 68648 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 6381 / Rsym value: 0.502 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H2W

1h2w


解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.545 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18614 3538 5.1 %RANDOM
Rwork0.161 ---
all0.1622 66171 --
obs0.16229 66171 98.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.553 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.97 Å20 Å2-0.13 Å2
2--1.93 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5251 0 12 660 5923
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0215419
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024839
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5611.9397388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.026311222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2815676
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026119
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021155
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2890
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2620.25346
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.23121
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2481
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1180.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3010.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9881.53382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.75525418
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.76432037
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3524.51970
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.263 237
Rwork0.25 4393
obs-4630
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84830.06240.46360.33010.24630.93850.05160.08560.0228-0.0592-0.0105-0.03840.05450.0358-0.04110.0780.0360.02420.04140.02230.026742.098640.9254-30.0682
230.01914.4798-8.22040.3293-3.5085.02650.1958-0.8422-0.3150.1928-0.1848-0.1090.24820.1362-0.0110.0768-0.0013-0.04860.0666-0.00130.074679.641444.0146-14.2893
31.0595-0.0512-0.18060.3179-0.13310.76440.0194-0.0941-0.01910.0122-0.0204-0.0287-0.0196-0.02770.0010.0384-0.0041-0.01740.0175-0.0170.053837.969249.82868.853
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA38 - 10738 - 107
2X-RAY DIFFRACTION1AA453 - 725453 - 725
3X-RAY DIFFRACTION2AA726 - 738726 - 738
4X-RAY DIFFRACTION3AA108 - 452108 - 452

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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