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万見
- PDB-1yqu: Escherichia coli purine nucleoside phosphorylase II, the product ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yqu
タイトルEscherichia coli purine nucleoside phosphorylase II, the product of the xapA gene
要素Xanthosine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / purine nucleoside phosphorylase guanine xanthine
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine catabolic process / xanthosine catabolic process / inosine nucleosidase activity / deoxyguanosine catabolic process / NAD+ biosynthetic process via the salvage pathway / deoxyinosine catabolic process / inosine catabolic process / nucleobase-containing small molecule metabolic process / guanosine phosphorylase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion ...guanosine catabolic process / xanthosine catabolic process / inosine nucleosidase activity / deoxyguanosine catabolic process / NAD+ biosynthetic process via the salvage pathway / deoxyinosine catabolic process / inosine catabolic process / nucleobase-containing small molecule metabolic process / guanosine phosphorylase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process / protein hexamerization / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xanthosine phosphorylase / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Purine nucleoside phosphorylase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANINE / PHOSPHATE ION / Purine nucleoside phosphorylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Dandanell, G. / Szczepanowski, R.H. / Kierdaszuk, B. / Shugar, D. / Bochtler, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Escherichia coli purine nucleoside phosphorylase II, the product of the xapA gene
著者: Dandanell, G. / Szczepanowski, R.H. / Kierdaszuk, B. / Shugar, D. / Bochtler, M.
履歴
登録2005年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xanthosine phosphorylase
B: Xanthosine phosphorylase
C: Xanthosine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3359
ポリマ－89,5973
非ポリマー7386
水00
1
A: Xanthosine phosphorylase
B: Xanthosine phosphorylase
C: Xanthosine phosphorylase
ヘテロ分子

A: Xanthosine phosphorylase
B: Xanthosine phosphorylase
C: Xanthosine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,67018
ポリマ－179,1946
非ポリマー1,47712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
単位格子
Length a, b, c (Å)71.345, 71.345, 267.537
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細a hexamer with 32 point symmetry that results from the dimerization of trimers

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要素

#1: タンパク質 Xanthosine phosphorylase / PNP-II / PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE


分子量: 29865.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: xapA, pndA / プラスミド: PGD265 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): GD1524
参照: UniProt: P45563, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GUN / GUANINE


分子量: 151.126 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: Tris, PEG4K, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.811 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月4日
放射モノクロメーター: triangular monochromator, bent mirror (information from the Web-site)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.811 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→25 Å / Num. all: 15055 / Num. obs: 15055 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rsym value: 0.126 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1436 / Rsym value: 0.382 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4PNP

4pnp


解像度: 3.1→25 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2674 747 random
Rwork0.2451 --
all0.2461 14985 -
obs0.2461 14985 -
原子変位パラメータBiso mean: 42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.666 Å2-3.068 Å20 Å2
2---5.666 Å20 Å2
3---11.332 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5553 0 48 0 5601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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