PDB-1yqf: Hypothetical protein from leishmania major unknown function seque...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yqf

タイトル

Hypothetical protein from leishmania major unknown function sequence homologue to human p32 protein

要素

hypothetical protein Lmaj011689

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP

機能・相同性

機能・相同性情報

translation activator activity / mitochondrial ribosome binding / positive regulation of mitochondrial translation / mitochondrial matrix / mRNA binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Caruthers, J. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Hypothetical protein from leishmania major unknown function sequence homologue to human p32 protein
著者: Caruthers, J. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

履歴

登録	2005年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 999

SEQUENCE A SUITABLE SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS NOT AVAILABLE AT THE TIME OF PROCESSING.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDBx/mmCIF形式	1yqf.cif.gz	221.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1yqf_validation.pdf.gz	460.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1yqf_full_validation.pdf.gz	469.7 KB	表示
XML形式データ	1yqf_validation.xml.gz	39.1 KB	表示
CIF形式データ	1yqf_validation.cif.gz	53.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/1yqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/1yqf	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3qv0-1 1p32-d 3jv1-1 2ppy-2 4g2s-d 5laa-d 1r8h-d 6j0l-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Lmaj011689AAA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein Lmaj011689

B: hypothetical protein Lmaj011689

C: hypothetical protein Lmaj011689

D: hypothetical protein Lmaj011689

E: hypothetical protein Lmaj011689

F: hypothetical protein Lmaj011689

138 kDa, 6 ポリマー
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1

A: hypothetical protein Lmaj011689

B: hypothetical protein Lmaj011689

C: hypothetical protein Lmaj011689

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.1 kDa, 3 ポリマー
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2

D: hypothetical protein Lmaj011689

E: hypothetical protein Lmaj011689

F: hypothetical protein Lmaj011689

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.1 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.738, 113.910, 87.858
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.489, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	hypothetical protein Lmaj011689 分子量: 23042.553 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) Plasmid details: SGPP target construct Lmaj011689AAA / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4Q7K6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.4 ul protein 19 mg/ml 0.4 ul crystallization buffer 20% PEG 4000, 100 mM CaCl2, 100 mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→19.035 Å / Num. all: 56510 / Num. obs: 56021 / Limit h max: 28 / Limit h min: -28 / Limit k max: 49 / Limit k min: 0 / Limit l max: 38 / Limit l min: 0

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 0.629 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.203

	最高解像度	最低解像度
Translation	4 Å	15 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
EPMR	2.5	位相決定
PDB_EXTRACT	1.501	データ抽出
直接法		位相決定
REFMAC	refmac_5.1.24 24/04/2001	精密化
Blu-Ice		データ収集
ELVES		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→19.035 Å / WR_factor R_free: 0.296 / WR_factor R_work: 0.278 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2735	2824	5.04 %
R_work	0.2549	-	-
obs	-	53207	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.702 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.73 Å²	0 Å²	0.191 Å²
2-	-	1.035 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.762 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.035 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8643	0	0	196	8839

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	8809
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.011	0.02	7609
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.895	1.95	11934
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.914	3	17789
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.097	5	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	9967
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.143	0.2	1586
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	8332
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	4266
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.077	0.2	5155
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.094	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.921	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.459	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.575	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.611	1.5	5389
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.045	1.5	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.134	2	8643
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.599	2	7436
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.711	3	3420
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.195	3	5427
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.321	4.5	3291
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it_other	0.639	4.5	10353

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Num. reflection all
2.3-2.3598	0.386	212	0.329	3834	X-RAY DIFFRACTION	4163
2.36-2.4244	0.348	191	0.312	3810	X-RAY DIFFRACTION	4073
2.424-2.4946	0.34	199	0.31	3707	X-RAY DIFFRACTION	3956
2.495-2.5714	0.318	189	0.3	3585	X-RAY DIFFRACTION	3823
2.571-2.6557	0.311	179	0.313	3522	X-RAY DIFFRACTION	3744
2.656-2.7488	0.344	194	0.302	3352	X-RAY DIFFRACTION	3584
2.749-2.8525	0.328	178	0.283	3293	X-RAY DIFFRACTION	3492
2.853-2.9689	0.315	182	0.286	3134	X-RAY DIFFRACTION	3337
2.969-3.1008	0.299	172	0.278	3035	X-RAY DIFFRACTION	3218
3.101-3.2521	0.312	146	0.277	2928	X-RAY DIFFRACTION	3083
3.252-3.4278	0.284	152	0.26	2763	X-RAY DIFFRACTION	2923
3.428-3.6355	0.281	120	0.253	2633	X-RAY DIFFRACTION	2756
3.636-3.8862	0.248	136	0.234	2467	X-RAY DIFFRACTION	2606
3.886-4.1972	0.27	116	0.228	2295	X-RAY DIFFRACTION	2416
4.197-4.5972	0.211	98	0.212	2143	X-RAY DIFFRACTION	2245
4.597-5.1387	0.209	96	0.209	1917	X-RAY DIFFRACTION	2020
5.139-5.9316	0.253	83	0.265	1707	X-RAY DIFFRACTION	1793
5.932-7.2596	0.264	68	0.256	1462	X-RAY DIFFRACTION	1535
7.26-10.245	0.21	81	0.196	1092	X-RAY DIFFRACTION	1176
10.245-111.8034	0.186	32	0.195	530	X-RAY DIFFRACTION	680

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1661	-0.0275	-0.1357	2.0355	0.6935	0.2986	-0.0864	0.047	0.0255	-0.1245	0.1486	-0.0685	-0.0763	0.0179	-0.0622	0.084	-0.0076	-0.0117	0.1385	0.0098	0.1047	2.6962	1.9928	0.8946
2	0.5652	-0.0621	0.0596	2.6739	-1.6185	0.7828	-0.0246	-0.068	0.0908	0.4811	0.0349	-0.0406	-0.1957	-0.0633	-0.0103	0.1727	0.0515	0.0143	0.0944	-0.0558	0.0497	2.2221	2.4385	32.8119
3	0.0194	0.0911	-0.2263	0.4988	-0.0609	2.1635	-0.0091	0.0101	0.0609	0.0107	-0.0056	-0.0203	-0.1461	0.0118	0.0148	0.0364	-0.0152	0.0021	0.1187	0.0038	0.1354	31.3002	-17.1815	-27.2204
4	0.0753	-0.0764	0.1188	2.1081	-0.7197	0.2739	-0.0781	0.0403	-0.0201	-0.1405	0.1561	0.0634	0.0909	-0.0083	-0.0779	0.0996	-0.0061	0.0055	0.1315	-0.0046	0.1107	30.0473	-44.9585	-43.0478
5	0.4954	0.1495	-0.0939	2.7183	1.4689	1.0068	-0.0414	-0.0666	-0.0764	0.4508	0.0273	0.0706	0.2139	0.104	0.0141	0.1599	0.049	-0.0245	0.0737	0.0376	0.0585	29.82	-45.3285	-11.0956
6	0.1792	0.052	0.2119	0.5829	0.0156	2.1046	-0.0084	-0.0017	-0.0684	0.0165	-0.0012	0.0193	0.1257	-0.0447	0.0095	0.0347	-0.0148	-0.0086	0.1109	-0.0019	0.1265	1.1546	-25.8014	16.8553
7	0.0278	-0.0172	0.007	0.087	0.0778	0.2335	-0.0209	-0.0028	0.0004	-0.0104	0.0148	0.0126	0.0117	0.0065	0.0062	0.07	0.0102	-0.012	0.1199	0.0043	0.1414	15.1762	-20.3334	-8.7919

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 195
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	14 - 195
3	X-RAY DIFFRACTION	3	F	15 - 195
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	14 - 195
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	14 - 195
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	14 - 195
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	196 - 244
8	X-RAY DIFFRACTION	7	B	196 - 209
9	X-RAY DIFFRACTION	7	C	196 - 238
10	X-RAY DIFFRACTION	7	D	196 - 237
11	X-RAY DIFFRACTION	7	E	196 - 202
12	X-RAY DIFFRACTION	7	F	196 - 236

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