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- PDB-1ypy: Crystal Structure of Vaccinia Virus L1 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ypy
タイトルCrystal Structure of Vaccinia Virus L1 protein
要素Virion membrane protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Vaccinia virus / Orthopox / Variola virus / smallpox / L1
機能・相同性Virion membrane protein, poxvirus L1-related / Lipid membrane protein of large eukaryotic DNA viruses / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane / Entry-fusion complex associated protein OPG095
機能・相同性情報
生物種Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Su, H.P. / Garman, S.C. / Allison, T.J. / Fogg, C. / Moss, B. / Garboczi, D.N.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: The 1.51-Angstrom structure of the poxvirus L1 protein, a target of potent neutralizing antibodies.
著者: Su, H.P. / Garman, S.C. / Allison, T.J. / Fogg, C. / Moss, B. / Garboczi, D.N.
履歴
登録2005年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Virion membrane protein
B: Virion membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0662
ポリマ－39,0662
非ポリマー00
水5,891327
1
A: Virion membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5331
ポリマ－19,5331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Virion membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5331
ポリマ－19,5331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.746, 56.627, 72.557
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 129.31, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Virion membrane protein


分子量: 19532.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
属: Orthopoxvirus / 遺伝子: L1 / プラスミド: pLM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: P07612
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.244.1
22.244.2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8PEG 3350, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
2932蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 22-ID11
シンクロトロンAPS 19-ID20.97702
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2003年6月3日
ADSC QUANTUM 42CCD2004年7月4日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.977021
Reflection数: 15507
反射解像度: 1.51→50 Å / Num. obs: 52912 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 23.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.058 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.51→1.56 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 3.55 / Num. unique all: 5290 / Χ2: 1.045 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1-13.10328.27122.475SE19.30.54
267.34926.56325.998SE13.60.42
372.81923.8613.845SE290.54
479.9869.6173.523SE510.67
56.57214.8326.083SE55.90.52
646.8424.284.178SE51.70.4
Phasing dmFOM : 0.74 / FOM acentric: 0.76 / FOM centric: 0.57 / 反射: 6895 / Reflection acentric: 6398 / Reflection centric: 497
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
8.6-19.9580.880.880.5829524253
5.4-8.60.780.810.57940838102
4.3-5.40.810.830.581171108388
3.8-4.30.80.810.621153107479
3.2-3.80.730.740.5920631951112
3-3.20.60.610.431273121063

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE2.06位相決定
CNS1.1精密化
MAR345データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.51→50 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The close contact between B5 (CB ALA) and B82 (CG GLU) may indicate flexibility in side chain of B82 as well as the disorder in B5, which is the n-terminus in that molecule. It is possible ...詳細: The close contact between B5 (CB ALA) and B82 (CG GLU) may indicate flexibility in side chain of B82 as well as the disorder in B5, which is the n-terminus in that molecule. It is possible that there are alternate positions in both residues to support packing between the asymmetric units at this interface, but the model is the best fit that did not violate geometric requirements.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 2646 4.9 %Random
Rwork0.239 ---
all0.239 ---
obs0.239 52902 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.345 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.512 Å20 Å21.403 Å2
2---2.082 Å20 Å2
3---2.594 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2613 0 0 327 2940
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.076
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.15
LS精密化 シェル解像度: 1.51→1.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.015
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 460 -
Rwork0.284 --
obs-8201 97.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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