ソフトウェア | 名称 | 分類 |
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d*TREK | データスケーリング | SCALEPACK | データスケーリング | CNS | 精密化 | HKL-2000 | データ削減 | CNS | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→41.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1159703 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2435 | 1772 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.2265 | - | - | - |
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obs | 0.2265 | 35328 | 87.1 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.4515 Å2 / ksol: 0.368061 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 42.7 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -3.36 Å2 | -0.19 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -3.36 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 6.72 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.29 Å | 0.26 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.33 Å | 0.3 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.33 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2102 | 0 | 10 | 138 | 2250 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d23.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.78 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it2.25 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.87 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it7.77 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it8.56 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.384 | 254 | 5.2 % |
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Rwork | 0.359 | 4624 | - |
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obs | - | 3639 | 73.3 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | CME_PROTEIN_REP.PARAMCME_PROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAMION.TOP | | | | | |
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