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万見
- PDB-1ypq: Human Oxidized Low Density Lipoprotein Receptor LOX-1 Dioxane Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ypq
タイトルHuman Oxidized Low Density Lipoprotein Receptor LOX-1 Dioxane Complex
要素oxidised low density lipoprotein (lectin-like) receptor 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Oxidized low density Lipoprotein receptor / Lox-1 / CTLD / C-type lectin like domain / NK Cell receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


low-density lipoprotein particle receptor activity / lipoprotein metabolic process / blood circulation / leukocyte cell-cell adhesion / immune system process / tertiary granule membrane / specific granule membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / carbohydrate binding / receptor complex ...low-density lipoprotein particle receptor activity / lipoprotein metabolic process / blood circulation / leukocyte cell-cell adhesion / immune system process / tertiary granule membrane / specific granule membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / carbohydrate binding / receptor complex / inflammatory response / membrane raft / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold ...: / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Park, H. / Adsit, F.G. / Boyington, J.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: The 1.4 angstrom crystal structure of the human oxidized low density lipoprotein receptor lox-1.
著者: Park, H. / Adsit, F.G. / Boyington, J.C.
履歴
登録2005年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: oxidised low density lipoprotein (lectin-like) receptor 1
B: oxidised low density lipoprotein (lectin-like) receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7133
ポリマ－30,6252
非ポリマー881
水6,990388
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.7, 49.1, 76.3
Angle α, β, γ (deg.)90, 98.5, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

HOH

21B-329-

HOH

31B-416-

HOH

詳細biological assembly is dimer, the two asymmetric molecules

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要素

#1: タンパク質 oxidised low density lipoprotein (lectin-like) receptor 1


分子量: 15312.383 Da / 分子数: 2 / 断片: C-Type Lectin-Like Domain (Residues 136-273) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B (DE3) / 参照: UniProt: P78380
#2: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.140.2
2
結晶化
温度 (K)Crystal-IDpH詳細
27719PEG10K, Bicine, Dioxane, HEPES, NaCl, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
29824.6ammonium acetate,sodium acetate, PEG3K, HEPES, NaCl, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月12日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 50675 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MPU, 1K9I, 1Q03

1mpu

1k9i

1q03


解像度: 1.4→9.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 499658.19 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 2452 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.177 48963 96.1 %-
all-48963 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.7117 Å2 / ksol: 0.458554 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.16 Å0.14 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→9.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2123 0 6 388 2517
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.07
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.491.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.182
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.012.5
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 350 4.8 %
Rwork0.231 6941 -
obs--86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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