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- PDB-1ypf: Crystal Structure of GuaC (BA5705) from Bacillus anthracis at 1.8... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ypf
タイトルCrystal Structure of GuaC (BA5705) from Bacillus anthracis at 1.8 A Resolution
要素GMP reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / GuaC / Purines / Pyrimidines / Nucleosides / Nucleotides / Nucleotide and nucleoside interconversions / SPINE / Structural Genomics / Structural Proteomics in Europe
機能・相同性
機能・相同性情報


GMP reductase complex / GMP reductase / GMP reductase activity / purine nucleotide metabolic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Guanosine monophosphate reductase, type2 / : / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...Guanosine monophosphate reductase, type2 / : / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Grenha, R. / Levdikov, V.M. / Blagova, E.V. / Fogg, M.J. / Brannigan, J.A. / Wilkinson, A.J. / Wilson, K.S. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of GuaC (BA5705) from Bacillus anthracis at 1.8 A Resolution.
著者: Grenha, R. / Levdikov, V.M. / Blagova, E.V. / Fogg, M.J. / Brannigan, J.A. / Wilkinson, A.J. / Wilson, K.S.
履歴
登録2005年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GMP reductase
B: GMP reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3672
ポリマ－74,3672
非ポリマー00
水12,286682
1
A: GMP reductase

A: GMP reductase

A: GMP reductase

A: GMP reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,7334
ポリマ－148,7334
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area9740 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area47670 Å2
手法PISA, PQS
2
B: GMP reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1831
ポリマ－37,1831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: GMP reductase

B: GMP reductase

B: GMP reductase

B: GMP reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,7334
ポリマ－148,7334
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)114.676, 114.676, 52.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4

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要素

#1: タンパク質 GMP reductase / Guanosine monophosphate reductase / Guanosine 5'-monophosphate oxidoreductase


分子量: 37183.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: guaC / プラスミド: pET-YSBLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q81JJ9, GMP reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 682 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPD, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月23日 / 詳細: Rh coated Si mirror
放射モノクロメーター: Si monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 63577 / Num. obs: 63577 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.877 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 6280 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JR1

1jr1


解像度: 1.8→29.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 7.453 / SU ML: 0.102 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23778 3224 5.1 %RANDOM
Rwork0.1744 ---
all0.17758 60333 --
obs0.17758 60333 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.971 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.34 Å20 Å20 Å2
2---1.34 Å20 Å2
3---2.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4547 0 0 682 5229
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224660
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6271.9536297
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06539968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4395596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.89824.826201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.12415834
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3581522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1530.2716
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02890
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21005
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1920.24309
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.22205
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.22599
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.2477
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.040.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2370.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2380.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2340.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1423834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.70921224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7644744
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1961974
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.553101549
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.343310612
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.6893689
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.79238844
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 228 -
Rwork0.252 4411 -
obs-4411 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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