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万見
- PDB-1yp0: Structure of the steroidogenic factor-1 ligand binding domain bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yp0
タイトルStructure of the steroidogenic factor-1 ligand binding domain bound to phospholipid and a SHP peptide motif
要素
  • Nuclear receptor subfamily 0, group B, member 2
  • nuclear receptor subfamily 5, group A, member 1
キーワードTRANSCRIPTION / Ligand dependent nuclear receptor / Steroidogenic factor-1 / NR5A1 / helical sandwich fold / LBD fold
機能・相同性
機能・相同性情報


response to gonadotropin-releasing hormone / Sertoli cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of female gonad development / Nuclear Receptor transcription pathway / sex determination / positive regulation of male gonad development / calcineurin-mediated signaling / luteinization / Nuclear Receptor transcription pathway ...response to gonadotropin-releasing hormone / Sertoli cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of female gonad development / Nuclear Receptor transcription pathway / sex determination / positive regulation of male gonad development / calcineurin-mediated signaling / luteinization / Nuclear Receptor transcription pathway / tissue development / Leydig cell differentiation / male sex determination / nuclear retinoic acid receptor binding / maintenance of protein location in nucleus / hormone metabolic process / transcription regulator inhibitor activity / peroxisome proliferator activated receptor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / bile acid and bile salt transport / adrenal gland development / female gonad development / animal organ regeneration / response to glucose / nuclear retinoid X receptor binding / Notch signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / transcription coregulator binding / circadian regulation of gene expression / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of insulin secretion / response to organic cyclic compound / phospholipid binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / circadian rhythm / male gonad development / nuclear receptor activity / transcription corepressor activity / double-stranded DNA binding / response to ethanol / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / Nuclear hormone receptor family 5 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / Nuclear hormone receptor family 5 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Steroidogenic factor 1 / Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Li, Y. / Choi, M. / Cavey, G. / Daugherty, J. / Suino, K. / Kovach, A. / Bingham, N. / Kliewer, S. / Xu, H.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: Crystallographic identification and functional characterization of phospholipids as ligands for the orphan nuclear receptor steroidogenic factor-1.
著者: Li, Y. / Choi, M. / Cavey, G. / Daugherty, J. / Suino, K. / Kovach, A. / Bingham, N. / Kliewer, S. / Xu, H.
履歴
登録2005年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nuclear receptor subfamily 5, group A, member 1
B: Nuclear receptor subfamily 0, group B, member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5183
ポリマ－28,8262
非ポリマー6921
水3,531196
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area12110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.175, 73.175, 115.731
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 nuclear receptor subfamily 5, group A, member 1


分子量: 27513.010 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain (Residues: 223-461) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PET24 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: P33242
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor subfamily 0, group B, member 2


分子量: 1312.534 Da / 分子数: 1 / 断片: SHP LXXLL / 由来タイプ: 合成
詳細: peptide synthesis, the sequence of the peptide is naturally found in Rattus norvegicus (Norway rat)
参照: UniProt: P97947
#3: 化合物 ChemComp-PEF / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 3-[AMINOETHYLPHOSPHORYL]-[1,2-DI-PALMITOYL]-SN-GLYCEROL / DPPE


分子量: 691.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月21日
放射モノクロメーター: diamond crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 51068 / Num. obs: 51068 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 34.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: mLRH-1/SHP complex

解像度: 1.5→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1729788.93 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 4116 8.1 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.223 50759 99.8 %-
all-50759 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.1241 Å2 / ksol: 0.498201 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.19 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1975 0 47 196 2218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.34
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 690 8.3 %
Rwork0.274 7598 -
obs--99.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PLD2.PARPLD.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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