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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yoi | ||||||
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タイトル | COBALT MYOGLOBIN (OXY) | ||||||
![]() | MYOGLOBIN | ||||||
![]() | OXYGEN TRANSPORT / HEME / RESPIRATORY PROTEIN / MUSCLE | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Brucker, E.A. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High resolution crystal structures of the deoxy, oxy, and aquomet forms of cobalt myoglobin. 著者: Brucker, E.A. / Olson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Dou, Y. / Ikeda-Saito, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 46 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17234.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RECONSTITUTED WITH COBALT / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-COH / |
#4: 化合物 | ChemComp-OXY / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | THIS STRUCTURE HAS ONE DIFFERENCE RELATIVE TO THE NATIVE SPERM WHALE PROTEIN: THE HEME UNIT (IRON ...THIS STRUCTURE HAS ONE DIFFERENCE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.89 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 17 ℃ / 手法: batch method | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→27.7 Å / Num. obs: 46278 / % possible obs: 78.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.043 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 5 Å / Num. obs: 12355 / Num. measured all: 46278 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.65→5 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→5 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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