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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yod | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a water soluble analog of phospholamban | ||||||
![]() | water-solublized phospholamban | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / protein design / water-soluble | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Slovic, A.M. / Stayrook, S.E. / North, B. / DeGrado, W.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray structure of a water-soluble analog of the membrane protein phospholamban: sequence determinants defining the topology of tetrameric and pentameric coiled coils. 著者: Slovic, A.M. / Stayrook, S.E. / North, B. / DeGrado, W.F. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE At the time of processing no suitable sequence database reference was found |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 34.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3741.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic protein #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1,6 hexanediol, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月3日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: super-bend magnet / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 7887 / Num. obs: 7658 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18 % / Biso Wilson estimate: 25.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 13.1 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 18 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 625 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20 /
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