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- PDB-1yoa: Crystal structure of a probable flavoprotein from Thermus thermop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yoa
タイトルCrystal structure of a probable flavoprotein from Thermus thermophilus HB8
要素putative flavoprotein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / flavoprotein / HB8 / FAD / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


riboflavin reductase (NADPH) activity / FMN binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Flavoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Imagawa, T. / Tsuge, H. / Sugimoto, Y. / Utsunomiya, H. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a flavoenzyme TTHA0420 from Thermus thermophilus HB8
著者: Imagawa, T. / Tsuge, H. / Sugimoto, Y. / Utsunomiya, H. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S.
履歴
登録2005年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative flavoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9923
ポリマ－17,7501
非ポリマー1,2422
水1,20767
1
A: putative flavoprotein
ヘテロ分子

A: putative flavoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9846
ポリマ－35,5012
非ポリマー2,4844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation43_555-x+1/2,-z+1/2,-y+1/21
Buried area8130 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area12260 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)132.966, 132.966, 132.966
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432

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要素

#1: タンパク質 putative flavoprotein


分子量: 17750.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SL73
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG400, ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→95.35 Å / Num. all: 16153 / Num. obs: 16153 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 41.7 % / Rsym value: 0.11
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 43.2 % / Num. unique all: 1568 / Rsym value: 0.292 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→35.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.588 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22761 813 5 %RANDOM
Rwork0.19989 ---
all0.201 16159 --
obs0.2013 15335 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.486 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1255 0 84 67 1406
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211381
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.512.0311894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8532824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9345158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021473
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02267
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2490.21339
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2811
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2420.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.30.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.380.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8611.5791
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.63621271
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.623590
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3234.5623
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.285 73
Rwork0.194 1088

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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