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- PDB-1ynr: Crystal structure of the cytochrome c-552 from Hydrogenobacter th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ynr
タイトルCrystal structure of the cytochrome c-552 from Hydrogenobacter thermophilus at 2.0 resolution
要素Cytochrome c-552
キーワードELECTRON TRANSPORT / HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class ID / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c-552
類似検索 - 構成要素
生物種Hydrogenobacter thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Travaglini-Allocatelli, C. / Gianni, S. / Dubey, V.K. / Borgia, A. / Di Matteo, A. / Bonivento, D. / Cutruzzola, F. / Bren, K.L. / Brunori, M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: An Obligatory Intermediate in the Folding Pathway of Cytochrome c552 from Hydrogenobacter thermophilus
著者: Travaglini-Allocatelli, C. / Gianni, S. / Dubey, V.K. / Borgia, A. / Di Matteo, A. / Bonivento, D. / Cutruzzola, F. / Bren, K.L. / Brunori, M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Solution structure of thermostable cytochrome c-552 from Hydrogenobacter thermophilus determined by 1H-NMR spectroscopy
著者: Hasegawa, J. / Yoshida, T. / Yamazaki, T. / Sambongi, Y. / Yu, Y. / Igarashi, Y. / Kodama, T. / Yamazaki, K. / Kyogoku, Y. / Kobayashi, Y.
履歴
登録2005年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c-552
B: Cytochrome c-552
C: Cytochrome c-552
D: Cytochrome c-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,05219
ポリマ－34,3444
非ポリマー3,70815
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11840 Å2
ΔGint-239.8 kcal/mol
Surface area14730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.712, 56.712, 220.179
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome c-552


分子量: 8586.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hydrogenobacter thermophilus (バクテリア)
プラスミド: pET17b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P15452
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MPD, ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月19日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→56 Å / Num. all: 25401 / Num. obs: 25401 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.292 / % possible all: 88.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 451C

451c


解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 5.535 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21777 1270 5.1 %RANDOM
Rwork0.17054 ---
all0.1728 23720 --
obs0.17287 23720 98.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.369 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å20 Å20 Å2
2---0.33 Å20 Å2
3---0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2384 0 251 206 2841
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5662.1943701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.415314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.24225.48882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.69315455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.966155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021953
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2820.21389
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21787
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2177
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2440.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2060.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7841.51612
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26722486
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.08531336
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0534.51207
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 78 -
Rwork0.176 1569 -
obs--90 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.99850.3313-1.28742.3471-0.17613.7096-0.0726-0.052-0.1805-0.2236-0.0452-0.08480.22320.14960.1178-0.04880.01370.0335-0.0270.0359-0.14553.81129.87288.09
28.31450.5706-0.54951.7892-0.50092.05640.080.018-0.32830.0229-0.03890.13470.1236-0.0859-0.0411-0.0785-0.00470.0216-0.09390.0003-0.096441.88824.328110.76
34.68040.4156-1.02022.1435-0.86163.30460.1995-0.15550.31420.02420.04980.2503-0.3036-0.1344-0.2492-0.06570.00370.036-0.02320.011-0.110138.09748.68497.932
44.30041.5154-2.56132.2813-0.86284.9962-0.08490.10390.0753-0.1315-0.0101-0.0305-0.1554-0.1110.095-0.04360.00980.0344-0.07770.0078-0.156763.16853.73296.724
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 801 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 791 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 801 - 80
4X-RAY DIFFRACTION4DD1 - 791 - 79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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