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万見
- PDB-1yn9: Crystal structure of baculovirus RNA 5'-phosphatase complexed wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yn9
タイトルCrystal structure of baculovirus RNA 5'-phosphatase complexed with phosphate
要素polynucleotide 5'-phosphatase
キーワードHYDROLASE / RNA triphosphatase / cysteine phosphatase / P-loop
機能・相同性
機能・相同性情報


polynucleotide 5'-phosphatase activity / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity
類似検索 - 分子機能
: / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site ...: / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Tyrosine-protein phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Changela, A. / Martins, A. / Shuman, S. / Mondragon, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of baculovirus RNA triphosphatase complexed with phosphate
著者: Changela, A. / Martins, A. / Shuman, S. / Mondragon, A.
履歴
登録2005年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: polynucleotide 5'-phosphatase
B: polynucleotide 5'-phosphatase
C: polynucleotide 5'-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9219
ポリマ－58,3513
非ポリマー5706
水10,755597
1
A: polynucleotide 5'-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6403
ポリマ－19,4501
非ポリマー1902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: polynucleotide 5'-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6403
ポリマ－19,4501
非ポリマー1902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: polynucleotide 5'-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6403
ポリマ－19,4501
非ポリマー1902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.910, 74.130, 105.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 polynucleotide 5'-phosphatase / BVP


分子量: 19450.449 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
属: Nucleopolyhedrovirus / 遺伝子: PTP / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P24656, polynucleotide 5'-phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: sodium/potassium phosphate, sodium acetate, guanidine hydrochloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.9479 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9479 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→150 Å / Num. all: 424098 / Num. obs: 97263 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 14.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 6308 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1I9T

1i9t


解像度: 1.5→105.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.087 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19427 4870 5 %RANDOM
Rwork0.1656 ---
all0.167 ---
obs0.16702 92370 96.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å20 Å2-0.38 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3---0.89 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.042 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→105.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4120 0 35 597 4752
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224245
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023901
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2331.9625756
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77939108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5675492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.87823.75200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.96215775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3021528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024528
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02842
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2887
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.23985
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.22086
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.22225
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2414
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1480.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2950.299
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0821.53259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.181.51008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.20224108
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.04432036
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9454.51648
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 338 -
Rwork0.211 6308 -
obs--90.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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