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- PDB-1ymp: The Crystal Structure of a Partial Mouse Notch-1 Ankyrin Domain: ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ymp
タイトルThe Crystal Structure of a Partial Mouse Notch-1 Ankyrin Domain: Repeats 4 Through 7 Preserve an Ankyrin Fold
要素Notch 1 protein
キーワードTRANSCRIPTION / ankyrin repeats / helix-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cardioblast proliferation / Notch signaling involved in heart development / positive regulation of glial cell differentiation / Pre-NOTCH Processing in Golgi / regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway / osteoblast fate commitment / venous blood vessel morphogenesis / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / coronary sinus valve morphogenesis ...regulation of cardioblast proliferation / Notch signaling involved in heart development / positive regulation of glial cell differentiation / Pre-NOTCH Processing in Golgi / regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway / osteoblast fate commitment / venous blood vessel morphogenesis / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / venous endothelial cell differentiation / retinal cone cell differentiation / arterial endothelial cell differentiation / epithelial cell fate commitment / negative regulation of pro-B cell differentiation / negative regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / mitral valve formation / cell migration involved in endocardial cushion formation / negative regulation of photoreceptor cell differentiation / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / regulation of somitogenesis / endocardium morphogenesis / foregut morphogenesis / distal tubule development / inhibition of neuroepithelial cell differentiation / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / cardiac chamber formation / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / auditory receptor cell fate commitment / positive regulation of aorta morphogenesis / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / atrioventricular node development / positive regulation of transcription of Notch receptor target / neuroendocrine cell differentiation / cellular response to tumor cell / Notch-HLH transcription pathway / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / collecting duct development / compartment pattern specification / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / regulation of extracellular matrix assembly / T-helper 17 type immune response / endocardial cell differentiation / chemical synaptic transmission, postsynaptic / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / cardiac ventricle morphogenesis / endocardial cushion development / mesenchymal cell development / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / epidermal cell fate specification / negative regulation of myotube differentiation / coronary vein morphogenesis / cardiac left ventricle morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / left/right axis specification / negative regulation of catalytic activity / glomerular mesangial cell development / somatic stem cell division / negative regulation of cell adhesion molecule production / endocardium development / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of endothelial cell differentiation / interleukin-17-mediated signaling pathway / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / cardiac epithelial to mesenchymal transition / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / neuron fate commitment / neuronal stem cell population maintenance / negative regulation of collagen biosynthetic process / cardiac muscle cell myoblast differentiation / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / tissue regeneration / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / pulmonary valve morphogenesis / regulation of stem cell proliferation / luteolysis / heart trabecula morphogenesis / glial cell differentiation / calcium-ion regulated exocytosis / prostate gland epithelium morphogenesis / negative regulation of biomineral tissue development / endoderm development / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis
類似検索 - 分子機能
: / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / : / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein ...: / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / : / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily / LNR domain / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / : / Calcium-binding EGF domain / Ankyrin repeat-containing domain / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Ankyrin repeat / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Neurogenic locus notch homolog protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lubman, O.Y. / Kopan, R. / Waksman, G. / Korolev, S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: The crystal structure of a partial mouse Notch-1 ankyrin domain: repeats 4 through 7 preserve an ankyrin fold.
著者: Lubman, O.Y. / Kopan, R. / Waksman, G. / Korolev, S.
履歴
登録2005年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Notch 1 protein
B: Notch 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1562
ポリマ－30,1562
非ポリマー00
水2,684149
1
A: Notch 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0781
ポリマ－15,0781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Notch 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0781
ポリマ－15,0781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.789, 75.789, 45.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
詳細biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Notch 1 protein


分子量: 15077.961 Da / 分子数: 2 / 断片: ankryin repeats 3.5-7 (residues 1971-2105) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Notch1 / プラスミド: pProEX HTc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q07008, UniProt: Q01705*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 10000, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 14979 / % possible obs: 85.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.047
反射 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / % possible all: 85.6

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位相決定

Phasing MRCor.coef. Fo:Fc: 0.516 / Packing: 0.515
最高解像度最低解像度手法Reflection percentσ(F)
Rotation3.5 Å15 Åfast direct97.4 0
Translation4 Å15 Ågeneral: ! target for PC-refinement= e2e298.7 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1N0R

1n0r


解像度: 2.2→21.88 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: refined as perfect merohedral twin using CNS scripts
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.309 549 3.7 %random
Rwork0.206 ---
obs-11012 73.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 73.912 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.323 Å23.078 Å20 Å2
2---0.323 Å20 Å2
3---0.645 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→21.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1949 0 0 149 2098
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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