[日本語] English
万見
- PDB-1ymo: Solution structure of the P2b-P3 pseudoknot from human telomerase RNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ymo
タイトルSolution structure of the P2b-P3 pseudoknot from human telomerase RNA
要素Telomerase RNA P2b-P3 pseudoknot
キーワードRNA / pseudoknot / non-canonical / tertiary structure / Hoogsteen / triplex
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Theimer, C.A. / Blois, C.A. / Feigon, J.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: Structure of the human telomerase RNA pseudoknot reveals conserved tertiary interactions essential for function
著者: Theimer, C.A. / Blois, C.A. / Feigon, J.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Mutations linked to dyskeratosis congenita cause changes in the structural equilibrium in telomerase RNA
著者: Theimer, C.A. / Finger, L.D. / Trantirek, L. / Feigon, J.
#2: ジャーナル: RNA / 年: 2003
タイトル: YNMG tetraloop formation by a dyskeratosis congenita mutation in human telomerase RNA
著者: Theimer, C.A. / Finger, L.D. / Feigon, J.
履歴
登録2005年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_related
Item: _pdbx_database_related.db_name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Telomerase RNA P2b-P3 pseudoknot


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9831
ポリマ－14,9831
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy, no restraint violations, consistent with residual dipolar couplings
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: RNA鎖 Telomerase RNA P2b-P3 pseudoknot


分子量: 14982.920 Da / 分子数: 1 / 断片: P2b-P3 pseudoknot / 変異: U177 deletion / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA is synthesized using in vitro transcription with T7 RNA polymerase and a partially double-stranded DNA template. The sequence of this RNA can be found naturally in homo sapiens (human).

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY (11echo and WATERGATE)
2212D NOESY, 2D TOCSY (presat)
1322D 15N-HMQC,2D 15N-CPMG-NOESY, 2D JNN-HNN-COSY
2422D 13C-HSQC
2532D 13C-HSQC, 2D (H)CCH COSY, 3D (H)CCH-TOCSY, 2D 13C filtered/edited NOESYs
2642D 13C-HSQC, 2D (H)CCH COSY, 3D (H)CCH-TOCSY, 2D 13C filtered/edited NOESYs
NMR実験の詳細Text: The same experiments were performed on all of the singly-labeled samples except for residual dipolar couplings which were only collected for the A- and G-only labeled samples.

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1~0.8 mM unlabeled RNA, 10 mM sodium phosphate buffer, pH 6.3, 200 mM KCl, 50 uM EDTA, 0.2% sodium azide, 95% H2O,5% D2O or 100% D2O95% H2O,5% D2O or 100% D2O
2~0.8 mM 13C,15N-fully labeled RNA, 10 mM sodium phosphate buffer, pH 6.3, 200 mM KCl, 50 uM EDTA, 0.2% sodium azide, 95% H2O,5% D2O or 100% D2O95% H2O,5% D2O or 100% D2O
3~0.8 mM 13C,15N-A labeled RNA, 10 mM sodium phosphate buffer, pH 6.3, 200 mM KCl, 50 uM EDTA, 0.2% sodium azide , 95% H2O,5% D2O or 100% D2O95% H2O,5% D2O or 100% D2O
4~0.8 mM 13C,15N-C labeled RNA, 10 mM sodium phosphate buffer, pH 6.3, 200 mM KCl, 50 uM EDTA, 0.2% sodium azide, 95% H2O,5% D2O or 100% D2O95% H2O,5% D2O or 100% D2O
5~0.8 mM 13C,15N-G labeled RNA, 10 mM sodium phosphate buffer, pH 6.3, 200 mM KCl, 50 uM EDTA, 0.2% sodium azide, 95% H2O,5% D2O or 100% D2O95% H2O,5% D2O or 100% D2O
6~0.8 mM 13C,15N-U labeled RNA, 10 mM sodium phosphate buffer, pH 6.3, 200 mM KCl, 50 uM EDTA, 0.2% sodium azide, 95% H2O,5% D2O or 100% D2O95% H2O,5% D2O or 100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1200 mM KCl 6.3ambient 283 K
2200 mM KCl 6.3ambient 293 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
XwinNMR2.6Bruker解析
AURELIA3.108Brungerデータ解析
XPLOR-NIH1.0.6NIH構造決定
XPLOR-NIH1.0.6NIH精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures are based on 790 NOE-derived distance constraints, 210 dihedral angle restraints, 50 distance restraints from hydrogen bonds, and 20 H-C residual dipolar couplings. PDB entry PDB ...詳細: Structures are based on 790 NOE-derived distance constraints, 210 dihedral angle restraints, 50 distance restraints from hydrogen bonds, and 20 H-C residual dipolar couplings. PDB entry PDB entry 2k96 is a better refined structure of entry 1ymo.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy, no restraint violations, consistent with residual dipolar couplings
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る