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- PDB-1ymh: anti-HCV Fab 19D9D6 complexed with protein L (PpL) mutant A66W -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ymh
タイトルanti-HCV Fab 19D9D6 complexed with protein L (PpL) mutant A66W
要素
  • Fab 16D9D6, heavy chain
  • Fab 16D9D6, light chain
  • Protein L
キーワードIMMUNE SYSTEM / Engineering of Crystal contacts / PpL-Fab complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / immunoglobulin binding
類似検索 - 分子機能
Protein G-related albumin-binding (GA) module / Extracellular matrix-binding protein ebh, GA module / GA module / GA module / Protein L, Ig light chain-binding / Protein L b1 domain / Repeat of unknown function DUF5633 / Family of unknown function (DUF5633) / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / GA-like domain ...Protein G-related albumin-binding (GA) module / Extracellular matrix-binding protein ebh, GA module / GA module / GA module / Protein L, Ig light chain-binding / Protein L b1 domain / Repeat of unknown function DUF5633 / Family of unknown function (DUF5633) / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Finegoldia magna (バクテリア)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Granata, V. / Housden, N.G. / Harrison, S. / Jolivet-Reynaud, C. / Gore, M.G. / Stura, E.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Comparison of the crystallization and crystal packing of two Fab single-site mutant protein L complexes.
著者: Granata, V. / Housden, N.G. / Harrison, S. / Jolivet-Reynaud, C. / Gore, M.G. / Stura, E.A.
履歴
登録2005年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab 16D9D6, light chain
B: Fab 16D9D6, heavy chain
E: Protein L
C: Fab 16D9D6, light chain
D: Fab 16D9D6, heavy chain
F: Protein L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,4156
ポリマ－110,4156
非ポリマー00
水2,090116
1
A: Fab 16D9D6, light chain
B: Fab 16D9D6, heavy chain
E: Protein L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2083
ポリマ－55,2083
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Fab 16D9D6, light chain
D: Fab 16D9D6, heavy chain
F: Protein L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2083
ポリマ－55,2083
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.143, 111.469, 148.698
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Fab 16D9D6, light chain


分子量: 24334.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma
#2: 抗体 Fab 16D9D6, heavy chain


分子量: 23563.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma
#3: タンパク質 Protein L / PpL


分子量: 7310.145 Da / 分子数: 2 / Mutation: A866W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Finegoldia magna (バクテリア) / 株: ATCC 29328 / プラスミド: PKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51918
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 9% PEG5K, 100mM Na cacodylate, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.720169 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月5日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.720169 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→88 Å / Num. all: 39989 / Num. obs: 39109 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 79.237 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.6→2.66 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 2806 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MHH

1mhh


解像度: 2.6→87.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 13.137 / SU ML: 0.283 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.71 / ESU R Free: 0.372 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30228 1957 5 %RANDOM
Rwork0.22431 ---
all0.2284 39989 --
obs0.2284 37096 97.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.086 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20 Å20 Å2
2---1.19 Å20 Å2
3---0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→87.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7768 0 0 116 7884
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0650.0217951
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg4.3441.9410818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.155316116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.6455999
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.4460.21211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0220.028846
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021567
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3110.31972
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3210.38554
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.150.54887
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2540.5458
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2710.312
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3680.334
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2660.54
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.57425011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.48238118
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.51422940
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.62932700
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.603→2.671 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.453 133
Rwork0.342 2754

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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