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- PDB-1ym4: Crystal structure of human beta secretase complexed with NVP-AMK640 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ym4
タイトルCrystal structure of human beta secretase complexed with NVP-AMK640
要素
  • Beta-secretase 1
  • NVP-AMK640 INHIBITOR
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / BETA-SECRETASE / MEMAPSIN2 / ALZHEIMER'S DISEASE / ASPARTIC PROTEASE / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / multivesicular body / response to lead ion / trans-Golgi network / recycling endosome / protein processing / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / synaptic vesicle / late endosome / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / lysosome / early endosome / endosome membrane / endosome / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-SECRETASE INHIBITOR NVP-AMK640 / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Hanessian, S. / Yun, H. / Hou, Y. / Yang, G. / Bayrakdarian, M. / Therrien, E. / Moitessier, N. / Roggo, S. / Veenstra, S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structure-based design, synthesis, and memapsin 2 (BACE) inhibitory activity of carbocyclic and heterocyclic peptidomimetics
著者: Hanessian, S. / Yun, H. / Hou, Y. / Yang, G. / Bayrakdarian, M. / Therrien, E. / Moitessier, N. / Roggo, S. / Veenstra, S. / Tintelnot-Blomley, M. / Rondeau, J.M. / Ostermeier, C. / Strauss, ...著者: Hanessian, S. / Yun, H. / Hou, Y. / Yang, G. / Bayrakdarian, M. / Therrien, E. / Moitessier, N. / Roggo, S. / Veenstra, S. / Tintelnot-Blomley, M. / Rondeau, J.M. / Ostermeier, C. / Strauss, A. / Ramage, P. / Paganetti, P. / Neumann, U. / Betschart, C.
履歴
登録2005年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
B: Beta-secretase 1
C: Beta-secretase 1
X: NVP-AMK640 INHIBITOR
Y: NVP-AMK640 INHIBITOR
Z: NVP-AMK640 INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,2336
ポリマ－138,2336
非ポリマー00
水8,773487
1
A: Beta-secretase 1
X: NVP-AMK640 INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0782
ポリマ－46,0782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16060 Å2
手法PISA
2
B: Beta-secretase 1
Y: NVP-AMK640 INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0782
ポリマ－46,0782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area16050 Å2
手法PISA
3
C: Beta-secretase 1
Z: NVP-AMK640 INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0782
ポリマ－46,0782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area16070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)223.678, 107.751, 61.475
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Aspartyl ...Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / ASP2 / Membrane-associated aspartic protease 2 / Memapsin-2


分子量: 45434.957 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 48-453 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: タンパク質・ペプチド NVP-AMK640 INHIBITOR


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 642.741 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 参照: BETA-SECRETASE INHIBITOR NVP-AMK640
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG 8000, potassium chloride, 1,2-propanediol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.855064 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.855064 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→100 Å / Num. all: 68076 / Num. obs: 68076 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Num. unique all: 6217 / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2002精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNX2000.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→96.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 26040942.67 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 6850 10.1 %RANDOM
Rwork0.24 ---
all0.245 68076 --
obs0.245 67661 99.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.7965 Å2 / ksol: 0.321307 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.25 Å20 Å2-9.58 Å2
2---5.8 Å20 Å2
3---25.05 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→96.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9051 0 0 487 9538
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.222.5
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 1077 9.7 %
Rwork0.403 9993 -
obs-11070 97.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3NVP-AMK640.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4CIS_PEPTIDE.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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