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- PDB-1yln: The Crystal Structure of the Protein of Unknown Function VCA0042 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yln
タイトルThe Crystal Structure of the Protein of Unknown Function VCA0042 from Vibrio cholerae O1
要素hypothetical protein vca0042
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Vibrio cholerae O1 / beta barrels / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body / cyclic-di-GMP binding
類似検索 - 分子機能
Flagellar protein YcgR / Type III secretion system flagellar brake protein YcgR, PilZN domain / predicted glycosyltransferase like domains / PilZ domain / PilZ domain / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Thrombin, subunit H / Roll ...Flagellar protein YcgR / Type III secretion system flagellar brake protein YcgR, PilZN domain / predicted glycosyltransferase like domains / PilZ domain / PilZ domain / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Thrombin, subunit H / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cyclic di-GMP binding protein VCA0042
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhang, R. / Zhou, M. / Moy, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the hypothetical protein vca0042 from Vibrio cholerae O1
著者: Zhang, R. / Zhou, M. / Moy, S. / Collart, F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2005年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein vca0042


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4991
ポリマ－28,4991
非ポリマー00
水2,432135
1
A: hypothetical protein vca0042

A: hypothetical protein vca0042


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9972
ポリマ－56,9972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.429, 56.429, 171.128
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細This trotein exists as dimer. The second part of the biological assembly is generated by : y, x,-z

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein vca0042


分子量: 28498.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 (コレラ菌) / 生物種: Vibrio cholerae / 株: N16961 / 遺伝子: GI:9657424 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 9657424, UniProt: Q9KNC3*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.714 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.0 M K/Na tartrate, 0.1M Tris, 0.2M Li2SO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 30326 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 14.83
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Num. unique all: 1652 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→32.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 220916.95 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Used "HLML" target in CNS refinement in which the friedel's pair was treated as two seperated reflections.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1366 4.9 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 27829 89.9 %-
all-30956 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.1882 Å2 / ksol: 0.351434 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.28 Å23.58 Å20 Å2
2--3.28 Å20 Å2
3----6.56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1793 0 0 135 1928
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 208 5.6 %
Rwork0.334 3532 -
obs--72 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP1.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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