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- PDB-1ykd: Crystal Structure of the Tandem GAF Domains from a Cyanobacterial... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ykd
タイトルCrystal Structure of the Tandem GAF Domains from a Cyanobacterial Adenylyl Cyclase: Novel Modes of Ligand-Binding and Dimerization
要素adenylate cyclase
キーワードLYASE / gaf domain / bound cyclic AMP ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / intracellular signal transduction / nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / GAF domain / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain ...: / GAF domain / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / Adenylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Anabaena sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Martinez, S.E. / Bruder, S. / Schultz, A. / Zheng, N. / Schultz, J.E. / Beavo, J.A. / Linder, J.U.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of the tandem GAF domains from a cyanobacterial adenylyl cyclase: Modes of ligand binding and dimerization
著者: Martinez, S.E. / Bruder, S. / Schultz, A. / Zheng, N. / Schultz, J.E. / Beavo, J.A. / Linder, J.U.
履歴
登録2005年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: adenylate cyclase
B: adenylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,1746
ポリマ－89,8572
非ポリマー1,3174
水8,557475
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10020 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area36650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.958, 66.265, 70.212
Angle α, β, γ (deg.)103.57, 96.56, 115.15
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 adenylate cyclase


分子量: 44928.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena sp. (バクテリア) / 遺伝子: cyaB2
プラスミド: cloned into Qiagen plasmid pQE-60 at the NcoI-BamH1 sites
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): E. coli BL21(DE3) / 参照: UniProt: P94182, adenylate cyclase
#2: 化合物
ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.1 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: ammonium sulfate, bis-tris propane, glycerol, Tris, MgCl2, betamercaptoethanol, 3',5' cyclic adenosine monophosphate, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月13日
放射モノクロメーター: Si (220), single crystal, cylindrically bent
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.2 Å / Num. obs: 74903 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→48.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 3.55 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21532 3550 5.1 %RANDOM
Rwork0.18234 ---
obs0.18401 66116 93.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.245 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å2-0.88 Å21.03 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3---0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6031 0 88 475 6594
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0226251
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0691.9828479
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.731313090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5455760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2961
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021176
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.21167
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2210.26298
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.23607
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2372
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1170.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2310.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.27433811
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.37556153
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.99672440
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.885102326
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.902→1.952 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.283 207
Rwork0.279 4125
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6171-0.95120.05314.53365.20726.78140.12710.04880.0351-0.6012-0.007-0.159-0.94170.0995-0.12010.2844-0.00060.06680.03320.03120.0453-4.933313.00736.4568
20.6559-0.3086-0.2891.05920.15140.23070.0316-0.0608-0.0802-0.0524-0.0292-0.0028-0.0352-0.021-0.00250.09650.0145-0.02940.1579-0.01340.126510.7063-20.6493-2.1343
30.61540.55130.07840.5689-0.06240.2450.1035-0.07990.0075-0.00040.00160.0127-0.0234-0.0228-0.10510.1262-0.0182-0.01270.1494-0.00630.1246-21.3429-8.565122.2102
41.9651-1.0146-1.23371.50272.13912.12720.09160.0476-0.1467-0.1005-0.10350.1387-0.1791-0.04920.01190.1740.0269-0.00650.1241-0.02590.1109-9.64012.23746.2135
50.13150.3885-0.08720.4922-0.00210.8989-0.0591-0.0104-0.04540.0099-0.07110.00190.00790.09380.13020.12660.0337-0.00350.14020.02330.12290.542122.250636.5727
60.23520.47970.11890.8688-0.09810.3974-0.07450.08580.03180.1272-0.0529-0.0340.08460.05020.12740.13830.0280.02360.10880.00730.145516.457218.794-2.1043
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA58 - 771 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2AA78 - 24621 - 189
3X-RAY DIFFRACTION2AC5011
4X-RAY DIFFRACTION3AA247 - 440190 - 383
5X-RAY DIFFRACTION3AD5021
6X-RAY DIFFRACTION4BB58 - 771 - 20
7X-RAY DIFFRACTION5BB78 - 24621 - 189
8X-RAY DIFFRACTION5BE5031
9X-RAY DIFFRACTION6BB247 - 441190 - 384
10X-RAY DIFFRACTION6BF5041

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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