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- PDB-1yk3: Crystal structure of Rv1347c from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yk3
タイトルCrystal structure of Rv1347c from Mycobacterium tuberculosis
要素Hypothetical protein Rv1347c/MT1389
キーワードTRANSFERASE / acyltransferase / GCN5-related fold / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


catechol-containing siderophore biosynthetic process / N-acyltransferase activity / siderophore biosynthetic process / fatty acyl-CoA hydrolase activity / acyltransferase activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能
Acyltransferase MbtK/IucB-like, conserved domain / Siderophore biosynthesis protein domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysine N-acyltransferase MbtK / Lysine N-acyltransferase MbtK
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Card, G.L. / Peterson, N.A. / Smith, C.A. / Rupp, B. / Schick, B.M. / Baker, E.N. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: The crystal structure of Rv1347c, a putative antibiotic resistance protein from Mycobacterium tuberculosis, reveals a GCN5-related fold and suggests an alternative function in siderophore biosynthesis
著者: Card, G.L. / Peterson, N.A. / Smith, C.A. / Rupp, B. / Schick, B.M. / Baker, E.N.
履歴
登録2005年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein Rv1347c/MT1389
B: Hypothetical protein Rv1347c/MT1389
C: Hypothetical protein Rv1347c/MT1389
D: Hypothetical protein Rv1347c/MT1389
E: Hypothetical protein Rv1347c/MT1389
F: Hypothetical protein Rv1347c/MT1389
G: Hypothetical protein Rv1347c/MT1389
H: Hypothetical protein Rv1347c/MT1389
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,51711
ポリマ－190,6408
非ポリマー8773
水11,710650
1
A: Hypothetical protein Rv1347c/MT1389


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8301
ポリマ－23,8301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical protein Rv1347c/MT1389


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8301
ポリマ－23,8301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Hypothetical protein Rv1347c/MT1389


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8301
ポリマ－23,8301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Hypothetical protein Rv1347c/MT1389
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1222
ポリマ－23,8301
非ポリマー2921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Hypothetical protein Rv1347c/MT1389
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1222
ポリマ－23,8301
非ポリマー2921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Hypothetical protein Rv1347c/MT1389


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8301
ポリマ－23,8301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Hypothetical protein Rv1347c/MT1389
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1222
ポリマ－23,8301
非ポリマー2921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Hypothetical protein Rv1347c/MT1389


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8301
ポリマ－23,8301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
A: Hypothetical protein Rv1347c/MT1389

C: Hypothetical protein Rv1347c/MT1389


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6602
ポリマ－47,6602
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_465x-1/2,-y+3/2,-z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19700 Å2
手法PISA
10
F: Hypothetical protein Rv1347c/MT1389

G: Hypothetical protein Rv1347c/MT1389
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9523
ポリマ－47,6602
非ポリマー2921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_645-x+1,y-1/2,-z+1/21
Buried area1670 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.665, 77.261, 296.514
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Gel filtration and dynamic light scattering studies suggest that the protein is monomeric in solution.

-
要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein Rv1347c/MT1389


分子量: 23830.008 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv1347c / プラスミド: pET42a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P64819, UniProt: P9WK15*PLUS
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 650 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Methoxy, PEG 5000, Tris-HCl, beta-octylglucoside, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11131
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU30011.5418
シンクロトロンSSRL BL9-120.9795, 0.9789, 0.9118
検出器
タイプID検出器日付詳細
MAR scanner 345 mm plate1IMAGE PLATE2002年3月1日Osmic mirrors
ADSC QUANTUM 42CCD2002年3月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Osmic mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.97951
30.97891
40.91181
反射解像度: 2.15→40 Å / Num. all: 96549 / Num. obs: 96453 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 33.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 2.15→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.551 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→36.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 174296 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1824 2.1 %RANDOM
Rwork0.227 ---
all0.229 85796 --
obs0.227 85796 95.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.2977 Å2 / ksol: 0.326799 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.62 Å20 Å20 Å2
2---1.52 Å20 Å2
3----4.11 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.29 Å
Luzzati d res low-50 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→36.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12805 0 60 650 13515
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.511.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.542
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.812.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Total num. of bins used: 6 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.295 13304 -
obs-13304 90.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3BOG.PARAMBOG.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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