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- PDB-1yjo: Structure of NNQQNY from yeast prion Sup35 with zinc acetate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yjo
タイトルStructure of NNQQNY from yeast prion Sup35 with zinc acetate
要素Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit
キーワードPROTEIN BINDING / Keywords beta sheet / steric zipper / glutamine zipper / asparagine zipper
機能・相同性
機能・相同性情報


Eukaryotic Translation Termination / translation release factor complex / translation release factor activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / translational termination / cytoplasmic stress granule / ribosome binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 ...Eukaryotic Translation Termination / translation release factor complex / translation release factor activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / translational termination / cytoplasmic stress granule / ribosome binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit / GTP-eEF1A C-terminal domain-like / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain ...Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit / GTP-eEF1A C-terminal domain-like / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Nelson, R. / Sawaya, M.R. / Balbirnie, M. / Madsen, A.O. / Riekel, C. / Grothe, R. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: Structure of the cross-beta spine of amyloid-like fibrils.
著者: Nelson, R. / Sawaya, M.R. / Balbirnie, M. / Madsen, A.O. / Riekel, C. / Grothe, R. / Eisenberg, D.
履歴
登録2005年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). The second beta strand of the beta sandwich is generated as described in remark 350. Beta sheets are generated from unit cell translations along the unit cell b dimension: x,y+1,z.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9053
ポリマ－7801
非ポリマー1252
水1267
1
A: Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit
ヘテロ分子

A: Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 1.81 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8106
ポリマ－1,5602
非ポリマー2514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y+1/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)21.153, 4.870, 23.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit / ERF2 / Translation release factor 3 / ERF3 / ERF-3 / Omnipotent suppressor protein 2 / G1 to S ...ERF2 / Translation release factor 3 / ERF3 / ERF-3 / Omnipotent suppressor protein 2 / G1 to S phase transition protein 1


分子量: 779.755 Da / 分子数: 1 / 断片: prion determining domain of Sup35 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence is from the prion determining domain of Saccharomyces cerevisiae Sup35
参照: UniProt: P05453
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 10.32 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7
詳細: ZINC SULFATE, SODIUM ACETATE, HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.975
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月22日 / 詳細: ELLIPSOIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: CHANNEL-CUT SI-111 MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→80 Å / Num. obs: 2166 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / Rsym value: 0.146 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.3→1.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.426 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→22.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.463 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.152 52 4 %RANDOM
Rwork0.102 ---
obs0.103 1250 97.9 %-
all-1250 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 5.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20.28 Å2
2---0.44 Å20 Å2
3---0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→22.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数55 0 1 11 67
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02158
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0237
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0771.89277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.728388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.50455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg59.93728.3336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.092158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.26
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.029
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.24
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1940.218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.233
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2190.24
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0390.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3390.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0160.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6631.543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2281.514
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.895249
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.394333
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7154.528
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.0135 5 -
Rwork0.012 76 -
obs--87.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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