PDB-1yj8: Initial structural analysis of Plasmodium falciparum Glycerol-3-p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yj8

タイトル

Initial structural analysis of Plasmodium falciparum Glycerol-3-phosphate dehydrogenase

要素

glycerol-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SGPP / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

Synthesis of PA / glycerol-3-phosphate dehydrogenase (FAD) complex / glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) / glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) activity / glycerol-3-phosphate catabolic process / glycerol-3-phosphate metabolic process / NADH oxidation / NAD binding / carbohydrate metabolic process / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Robien, M.A. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Initial structural analysis of Plasmodium falciparum Glycerol-3-phosphate dehydrogenase
著者: Robien, M.A. / Hol, W.G.J. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa

履歴

登録	2005年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1yj8.cif.gz	210.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1yj8.ent.gz	171.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1yj8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1yj8_validation.pdf.gz	445.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1yj8_full_validation.pdf.gz	453.5 KB	表示
XML形式データ	1yj8_validation.xml.gz	34.7 KB	表示
CIF形式データ	1yj8_validation.cif.gz	47.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/1yj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/1yj8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4dn5-d 3vu2-1 2zh5-d 2drb-d 3uwc-2 4xtk-2 4qp4-d 3kdt-d 4wj0-d 6z1q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: PFAL009132AAA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: glycerol-3-phosphate dehydrogenase

B: glycerol-3-phosphate dehydrogenase

C: glycerol-3-phosphate dehydrogenase

127 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: glycerol-3-phosphate dehydrogenase

登録者が定義した集合体
84.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: glycerol-3-phosphate dehydrogenase

C: glycerol-3-phosphate dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
84.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.455, 177.455, 232.699
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 3

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	TYR	TYR	GLY	GLY	A	A	10 - 28	10 - 28
2	1	1	TYR	TYR	GLY	GLY	B	B	10 - 28	10 - 28
3	1	1	TYR	TYR	GLY	GLY	C	C	10 - 28	10 - 28
4	2	1	ASN	ASN	PHE	PHE	A	A	31 - 62	31 - 62
5	2	1	ASN	ASN	PHE	PHE	B	B	31 - 62	31 - 62
6	2	1	ASN	ASN	PHE	PHE	C	C	31 - 62	31 - 62
7	3	1	GLU	GLU	PRO	PRO	A	A	66 - 88	66 - 88
8	3	1	GLU	GLU	PRO	PRO	B	B	66 - 88	66 - 88
9	3	1	GLU	GLU	PRO	PRO	C	C	66 - 88	66 - 88
1	1	2	CYS	CYS	LYS	LYS	A	A	113 - 124	113 - 124
2	1	2	CYS	CYS	LYS	LYS	B	B	113 - 124	113 - 124
3	1	2	CYS	CYS	LYS	LYS	C	C	113 - 124	113 - 124
4	2	2	ILE	ILE	ILE	ILE	A	A	129 - 210	129 - 210
5	2	2	ILE	ILE	ILE	ILE	B	B	129 - 210	129 - 210
6	2	2	ILE	ILE	ILE	ILE	C	C	129 - 210	129 - 210
1	1	3	THR	THR	SER	SER	A	A	216 - 285	216 - 285
2	1	3	THR	THR	SER	SER	B	B	216 - 285	216 - 285
3	1	3	THR	THR	SER	SER	C	C	216 - 285	216 - 285
1	1	4	ASN	ASN	LEU	LEU	A	A	312 - 320	312 - 320
2	1	4	ASN	ASN	LEU	LEU	B	B	312 - 320	312 - 320
3	1	4	ASN	ASN	LEU	LEU	C	C	312 - 320	312 - 320
4	2	4	THR	THR	GLN	GLN	A	A	323 - 372	323 - 372
5	2	4	THR	THR	GLN	GLN	B	B	323 - 372	323 - 372
6	2	4	THR	THR	GLN	GLN	C	C	323 - 372	323 - 372

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	glycerol-3-phosphate dehydrogenase 分子量: 42310.832 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: PFL0780w / プラスミド: pET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21star/DE3 参照: UniProt: Q8I5P5, glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

glycerol-3-phosphate dehydrogenase

分子量: 42310.832 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PFL0780w / プラスミド: pET14B / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21star/DE3
参照: UniProt: Q8I5P5, glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+)

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10 詳細: PEG 400, Potassium phosphate monobasic, CAPS, DTT, pH 10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL11-3	1	0.976
シンクロトロン	ALS	8.2.1	2		0.9794, 0.91840, 0.97950

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 210	1	CCD	2004年6月11日
ADSC QUANTUM 210	2	CCD	2004年6月20日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	single crystal Si(111) bent monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.976	1
2	0.9794	1
3	0.9184	1
4	0.9795	1

反射

解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 50738 / Num. obs: 50574 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 69.775 Å² / R_sym value: 0.132 / Net I/σ(I): 8.4

反射シェル

解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 7016 / R_sym value: 0.708 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.85→44.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 13.568 / SU ML: 0.246 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.528 / ESU R Free: 0.312 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Hydrogens have been added in the riding positions. The authors state that the electron density of residues in the region of approximately residues 285-313 is quite weak, and hence somewhat ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25576	2557	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23607	-	-	-
all	0.23706	47958	-	-
obs	0.23706	47958	99.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.225 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	-0.01 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→44.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8415	0	0	10	8425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	8565
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7825
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.944	1.956	11560
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.73	3	18299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.761	5	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.426	25.749	374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.926	15	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.453	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	9374
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	1790
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.158	0.2	7865
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	4203
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	4739
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.188	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.221	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.09	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.011	4	5720
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.113	4	2172
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.694	6	8606
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.406	6	3541
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.229	10	2954

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	436	tight positional	0.02	0.05
1	2	B	436	tight positional	0.02	0.05
1	3	C	436	tight positional	0.02	0.05
2	1	A	558	tight positional	0.02	0.05
2	2	B	558	tight positional	0.02	0.05
2	3	C	558	tight positional	0.02	0.05
3	1	A	413	tight positional	0.02	0.05
3	2	B	413	tight positional	0.02	0.05
3	3	C	413	tight positional	0.02	0.05
4	1	A	351	tight positional	0.02	0.05
4	2	B	351	tight positional	0.02	0.05
4	3	C	351	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	746	loose positional	0.59	5
1	2	B	746	loose positional	0.62	5
1	3	C	746	loose positional	0.63	5
2	1	A	822	loose positional	0.5	5
2	2	B	822	loose positional	0.46	5
2	3	C	822	loose positional	0.46	5
3	1	A	624	loose positional	0.58	5
3	2	B	624	loose positional	0.6	5
3	3	C	624	loose positional	0.5	5
4	1	A	576	loose positional	0.72	5
4	2	B	576	loose positional	0.61	5
4	3	C	576	loose positional	0.69	5
1	1	A	436	tight thermal	0.03	0.5
1	2	B	436	tight thermal	0.03	0.5
1	3	C	436	tight thermal	0.04	0.5
2	1	A	558	tight thermal	0.03	0.5
2	2	B	558	tight thermal	0.03	0.5
2	3	C	558	tight thermal	0.03	0.5
3	1	A	413	tight thermal	0.05	0.5
3	2	B	413	tight thermal	0.03	0.5
3	3	C	413	tight thermal	0.04	0.5
4	1	A	351	tight thermal	0.05	0.5
4	2	B	351	tight thermal	0.03	0.5
4	3	C	351	tight thermal	0.05	0.5
1	1	A	746	loose thermal	0.82	10
1	2	B	746	loose thermal	1.03	10
1	3	C	746	loose thermal	1.18	10
2	1	A	822	loose thermal	1.18	10
2	2	B	822	loose thermal	1.14	10
2	3	C	822	loose thermal	1.22	10
3	1	A	624	loose thermal	1.53	10
3	2	B	624	loose thermal	0.89	10
3	3	C	624	loose thermal	1.41	10
4	1	A	576	loose thermal	1.42	10
4	2	B	576	loose thermal	0.96	10
4	3	C	576	loose thermal	1.56	10

LS精密化シェル

解像度: 2.85→3.004 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.391	364	-
R_work	0.359	6604	-
obs	-	6604	95.65 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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