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- PDB-1yit: Crystal Structure Of Virginiamycin M and S Bound To The 50S Ribos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yit
タイトルCrystal Structure Of Virginiamycin M and S Bound To The 50S Ribosomal Subunit Of Haloarcula Marismortui
要素
  • (50S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 28
  • 23S RIBOSOMAL RNA
  • 5S RIBOSOMAL RNA
  • ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P0 HOMOLOG
  • VIRGINIAMYCIN ...
キーワードRIBOSOME/ANTIBIOTIC / VIRGINIAMYCIN M / VIRGINIAMYCIN S / PEPTIDYL TRANSFERASE / RIBOSOME / STREPTOGRAMIN / RIBOSOME-ANTIBIOTIC COMPLEX / ANTIBIOTIC / CYCLOHEXADEPSIPEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / cytosolic ribosome / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / cytosolic ribosome / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / DNA repair / nucleotide binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single Heli x bin / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A - #60 / Ribosomal protein L30/L7, central domain / Ribosomal protein L39 / 50s Ribosomal Protein L19e, Chain O, domain 1 - #10 / N-terminal domain of TfIIb - #30 / Ribosomal protein L21 / Ribosomal Protein L31e; Chain: W; / Ribosomal protein L31 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #80 ...Single Heli x bin / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A - #60 / Ribosomal protein L30/L7, central domain / Ribosomal protein L39 / 50s Ribosomal Protein L19e, Chain O, domain 1 - #10 / N-terminal domain of TfIIb - #30 / Ribosomal protein L21 / Ribosomal Protein L31e; Chain: W; / Ribosomal protein L31 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #80 / Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 / Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 - #10 / 3-methyladenine DNA Glycosylase II; Chain A, domain 3 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L3; domain 3 / Ribosomal protein L3, domain 3 / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein L3; Chain: B; domain 2, / Ribosomal Protein L3; Chain: B; domain 2, - #10 / Ribosomal protein L19e, domain 2 / Ribosomal protein L19e, domain 3 / 50s Ribosomal Protein L19e, Chain O, domain 1 / Ribosomal Protein L4; Chain: A; / Ribosomal protein L4/L1 / Helix Hairpins - #310 / 50S ribosomal protein L10, archaea / Ribosomal Protein L13p; Chain: A; / Ribosomal protein L13 / Atp Synthase Epsilon Chain; Chain: I; / Ribosomal Protein L24e; Chain: T; / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal protein L19e, archaeal / Ribosomal protein L2; domain 3 / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal protein L15e, archaeal / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea / Ribosomal protein L10e, archaea / Ribosomal protein L32e, archaeal / Ribosomal protein L3, archaeal / Ribosomal protein L4, archaea / Ribosomal protein L5, archaeal / Ribosomal protein L6 / 50s Ribosomal Protein L5; Chain: A, / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L30/L7 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Outer Surface Protein A; domain 3 / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal Protein L22; Chain A / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Ribosomal protein L24e / SH3 type barrels. - #30 / Ribosomal protein L30/S12 / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / : / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / N-terminal domain of TfIIb / Helix-hairpin-helix domain / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Translation factors / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / : / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L18e / metallochaperone-like domain / TRASH domain / RRM (RNA recognition motif) domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L39e, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
VIRGINIAMYCIN S1 / : / : / VIRGINIAMYCIN M1 / : / : / : / : / : / : ...VIRGINIAMYCIN S1 / : / : / VIRGINIAMYCIN M1 / : / : / : / : / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL43
類似検索 - 構成要素
生物種HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性)
STREPTOMYCES VIRGINIAE (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tu, D. / Blaha, G. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2005
タイトル: Structures of Mlsbk Antibiotics Bound to Mutated Large Ribosomal Subunits Provide a Structural Explanation for Resistance.
著者: TU, D. / Blaha, G. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
履歴
登録2005年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 2.02024年7月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands
改定 2.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "KC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 23S RIBOSOMAL RNA
1: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L37E
2: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L39E
3: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L44E
8: VIRGINIAMYCIN S1
9: 5S RIBOSOMAL RNA
A: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2P
B: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3P
C: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4E
D: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5P
E: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6P
F: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE
G: ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P0 HOMOLOG
H: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L10E
I: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11P
J: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13P
K: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14P
L: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15P
M: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15E
N: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18P
O: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18E
P: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19E
Q: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21E
R: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22P
S: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23P
T: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24P
U: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24E
V: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29P
W: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30P
X: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31E
Y: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32E
Z: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L37AE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,481,914264
ポリマ－1,475,18532
非ポリマー6,729232
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area105830 Å2
ΔGint-1086.4 kcal/mol
Surface area381780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)212.583, 299.758, 573.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 09

#1: RNA鎖 23S RIBOSOMAL RNA


分子量: 946157.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ENCODED BY RRNA OPERON / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: GenBank: 55229667
#6: RNA鎖 5S RIBOSOMAL RNA


分子量: 39303.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: GenBank: 3377778

+
50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 28種, 28分子 123ABCDEFHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ

#2: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L37E


分子量: 6330.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P32410
#3: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L39E


分子量: 6133.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P22452
#4: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L44E


分子量: 10815.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P32411
#7: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2P


分子量: 25354.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P20276
#8: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3P


分子量: 37396.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: GenBank: 55378384, UniProt: P20279*PLUS
#9: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4E


分子量: 26442.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P12735
#10: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5P


分子量: 19551.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P14124
#11: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6P


分子量: 19961.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P14135
#12: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7AE


分子量: 12791.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P12743
#14: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L10E


分子量: 19942.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: GenBank: 55231756, UniProt: P60617*PLUS
#15: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11P


分子量: 17097.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: GenBank: 132647, UniProt: P14122*PLUS
#16: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13P


分子量: 16249.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P29198
#17: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14P


分子量: 14191.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P22450
#18: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15P


分子量: 18005.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P12737
#19: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15E


分子量: 22275.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: GenBank: 55231501, UniProt: P60618*PLUS
#20: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18P


分子量: 20640.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P14123
#21: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18E


分子量: 12438.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P12733
#22: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19E


分子量: 16796.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P14119
#23: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21E


分子量: 10567.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P12734
#24: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22P


分子量: 16966.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P10970
#25: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23P


分子量: 9612.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P12732
#26: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24P


分子量: 13670.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P10972
#27: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24E


分子量: 7233.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P14116
#28: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29P


分子量: 7889.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P10971
#29: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30P


分子量: 17062.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P14121
#30: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31E


分子量: 10384.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P18138
#31: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32E


分子量: 26455.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P12736
#32: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L37AE


分子量: 9409.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: GenBank: 55231162, UniProt: P60619*PLUS

-
VIRGINIAMYCIN ... / タンパク質 , 2種, 2分子 8G

#13: タンパク質 ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P0 HOMOLOG


分子量: 37213.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) / 参照: UniProt: P15825
#5: タンパク質・ペプチド VIRGINIAMYCIN S1 / VIRGINIAMYCIN FACTOR S1 / VIRGINIAMYCIN S


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 抗生剤, Antimicrobial / 分子量: 841.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: VIRGINIAMYCIN S1 IS A CYLIC HEPTAPEPTIDE. THE RING IS GENERATED BY LINKING RESIDUE 2 SIDE-CHAIN AND RESIDUE 7 MAIN-CHAIN.
由来: (天然) STREPTOMYCES VIRGINIAE (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00679, VIRGINIAMYCIN S1

-
非ポリマー , 6種, 232分子

#33: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#34: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#35: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#36: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#37: 化合物 ChemComp-VIR / VIRGINIAMYCIN M1


分子量: 525.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H35N3O7 / コメント: 抗生剤*YM
#38: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCE REFERENCE FOR THE RIBOSOME: BALIGA, N.S., ET AL, (2004). GENOME SEQUENCE OF HALOARCULA ...SEQUENCE REFERENCE FOR THE RIBOSOME: BALIGA, N.S., ET AL, (2004). GENOME SEQUENCE OF HALOARCULA MARISMORTUI: A HALOPHILIC ARCHAEON FROM THE DEAD SEA. GENOME RES. 14, 2221-2234. DOI 10.1101/GR.2700304

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 5.8
詳細: PEG 6000, KCL, NH4CL, MGCL2, KACETATE, PH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 292K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 600011
2KCl11
3NH4Cl11
4MgCl211
5Kacetate11
6H2O11
7PEG 600012
8KCl12
9NH4Cl12
10MgCl212
11Kacetate12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 420273 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→29.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 252771.94 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 4113 1 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.175 417595 93.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.08 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.58 Å20 Å20 Å2
2---5.35 Å20 Å2
3----6.23 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29437 61620 269 0 91326
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d15.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.32
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.121.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.952
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.472
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.252.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 609 1 %
Rwork0.319 60070 -
obs--82.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2RNA_RIBO_MODNTS.PARAMRNA_RIBO_MODNTS_DRUGS.T
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION5VIR.PARVIR.TOP
X-RAY DIFFRACTION6VRS.PARVRS.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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