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万見
- PDB-1ye9: Crystal structure of proteolytically truncated catalase HPII from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ye9
タイトルCrystal structure of proteolytically truncated catalase HPII from E. coli
要素(catalase HPII) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / catalase HPII / proteolytic truncation / beta barrel core
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase / hyperosmotic response / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / iron ion binding / DNA damage response / heme binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalase HPII, helical domain / catalase hpii fold / catalase hpii domain / Catalase hpii, N-terminal domain-like / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Large catalase, C-terminal domain / C-terminal domain found in long catalases / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Catalase haem-binding site ...Catalase HPII, helical domain / catalase hpii fold / catalase hpii domain / Catalase hpii, N-terminal domain-like / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Large catalase, C-terminal domain / C-terminal domain found in long catalases / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily / Class I glutamine amidotransferase-like / Helix non-globular / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE / Catalase HPII
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Loewen, P.C. / Chelikani, P. / Carpena, X. / Fita, I. / Perez-Luque, R. / Donald, L.J. / Switala, J. / Duckworth, H.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Characterization of a Large Subunit Catalase Truncated by Proteolytic Cleavage(,)
著者: Chelikani, P. / Carpena, X. / Perez-Luque, R. / Donald, L.J. / Duckworth, H.W. / Switala, J. / Fita, I. / Loewen, P.C.
履歴
登録2004年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: catalase HPII
E: catalase HPII
B: catalase HPII
F: catalase HPII
C: catalase HPII
G: catalase HPII
D: catalase HPII
H: catalase HPII
I: catalase HPII
M: catalase HPII
J: catalase HPII
N: catalase HPII
K: catalase HPII
O: catalase HPII
L: catalase HPII
P: catalase HPII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)450,56624
ポリマ－445,50616
非ポリマー5,0608
水3,243180
1
A: catalase HPII
E: catalase HPII
B: catalase HPII
F: catalase HPII
C: catalase HPII
G: catalase HPII
D: catalase HPII
H: catalase HPII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,28312
ポリマ－222,7538
非ポリマー2,5304
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area91390 Å2
ΔGint-487 kcal/mol
Surface area55310 Å2
手法PISA
2
I: catalase HPII
M: catalase HPII
J: catalase HPII
N: catalase HPII
K: catalase HPII
O: catalase HPII
L: catalase HPII
P: catalase HPII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,28312
ポリマ－222,7538
非ポリマー2,5304
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area91560 Å2
ΔGint-490 kcal/mol
Surface area55320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.011, 152.888, 135.287
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51I
61J
71K
81L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 75 - 564 / Label seq-ID: 1 - 256

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1A - EA - B
2B - FC - D
3C - GE - F
4D - HG - H
5I - MI - J
6J - NK - L
7K - OM - N
8L - PO - P
詳細Biological unit is a tetramer and the asymmetric unit is composed of two truncated tetramers in which each monomer is cut into two fragments.

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要素

#1: タンパク質
catalase HPII


分子量: 25615.742 Da / 分子数: 8 / 断片: proteolytic fragment, residues 75-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MP180 / 遺伝子: KATE / プラスミド: pBluescript / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): UM255 / 参照: UniProt: P21179, catalase
#2: タンパク質
catalase HPII


分子量: 30072.516 Da / 分子数: 8 / 断片: proteolytic fragment, residues 309-567 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MP180 / 遺伝子: KATE / プラスミド: pBluescript / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21179, catalase
#3: 化合物
ChemComp-HDD / CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE / HEME


分子量: 632.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50mM TrisHCl, 8% PEG 20000, 8% PEG MME 550, 0.2M KSCN, 0.1M dithiothreitol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月18日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Diamond(111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 109986 / Num. obs: 104927 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 7510 / Rsym value: 0.65 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1GGE

1gge


解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU B: 20.105 / SU ML: 0.378 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 3 / ESU R Free: 0.432 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26902 5289 5 %RANDOM
Rwork0.21713 ---
all0.248 109968 --
obs0.21977 99638 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.725 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.05 Å20 Å22.66 Å2
2---2.62 Å20 Å2
3---2.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31183 0 352 180 31715
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02132563
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0481.94344390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.41153816
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.24485
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0226260
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2820.216371
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.21385
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1730.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4490.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3810.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0361.519173
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.926231092
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.184313390
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0194.513298
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3851 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.140.05
2Btight positional0.140.05
3Ctight positional0.140.05
4Dtight positional0.140.05
5Itight positional0.160.05
6Jtight positional0.140.05
7Ktight positional0.160.05
8Ltight positional0.150.05
1Atight thermal0.510.5
2Btight thermal0.410.5
3Ctight thermal0.460.5
4Dtight thermal0.420.5
5Itight thermal0.490.5
6Jtight thermal0.430.5
7Ktight thermal0.510.5
8Ltight thermal0.410.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.42 361
Rwork0.358 6917

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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