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- PDB-1ye6: Crystal structure of the Lys-274 to Arg mutant of Candida tenuis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ye6
タイトルCrystal structure of the Lys-274 to Arg mutant of Candida tenuis xylose reductase (AKR2B5) bound to NADP+
要素NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / beta-alpha-barrel AKR aldo-keto reductase coenzyme specificity NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


D-xylose reductase [NAD(P)H] / D-xylose reductase (NADPH) activity / D-xylose catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 2B / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily ...Aldo-keto reductase family 2B / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida tenuis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / isomourphous / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Leitgeb, S. / Petschacher, B. / Wilson, D.K. / Nidetzky, B.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2005
タイトル: Fine tuning of coenzyme specificity in family 2 aldo-keto reductases revealed by crystal structures of the Lys-274-->Arg mutant of Candida tenuis xylose reductase (AKR2B5) bound to NAD(+) and NADP(+).
著者: Leitgeb, S. / Petschacher, B. / Wilson, D.K. / Nidetzky, B.
履歴
登録2004年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
B: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
C: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
D: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,94316
ポリマ－144,3614
非ポリマー3,58212
水13,691760
1
A: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
B: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9728
ポリマ－72,1802
非ポリマー1,7916
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5460 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area24600 Å2
手法PISA
2
C: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
D: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9728
ポリマ－72,1802
非ポリマー1,7916
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area24570 Å2
手法PISA
3
A: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
B: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
ヘテロ分子

A: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
B: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
ヘテロ分子

C: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
D: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
ヘテロ分子

C: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
D: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)295,88632
ポリマ－288,7228
非ポリマー7,16424
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1,-z+11
Buried area28320 Å2
ΔGint-270 kcal/mol
Surface area91890 Å2
手法PISA
4
A: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
B: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
ヘテロ分子

C: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
D: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,94316
ポリマ－144,3614
非ポリマー3,58212
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1,-z+11
Buried area12650 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area47450 Å2
手法PISA
5
A: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
B: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
ヘテロ分子

C: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
D: NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,94316
ポリマ－144,3614
非ポリマー3,58212
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_544x+1/2,y-1/2,z-11
Buried area11670 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area48440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.005, 127.988, 80.074
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1045-

HOH

21D-1059-

HOH

31D-1093-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
NAD(P)H-dependent D-xylose reductase / XR


分子量: 36090.215 Da / 分子数: 4 / 変異: K274R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida tenuis (菌類) / 遺伝子: XYL1, XYLR / プラスミド: pET11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21(DE3)
参照: UniProt: O74237, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 760 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: Ammonium sulfate, sodium citrate, sodium acetate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.953695 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年1月1日
放射モノクロメーター: single crystal Si(311) bent monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953695 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 80204 / Num. obs: 80204 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 13.38
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 4.47 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: isomourphous
開始モデル: PDB-entry 1K8C

1k8c


解像度: 2.3→30 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 3921 4.9 %Randomly
Rwork0.192 ---
obs0.192 80192 99.7 %-
all-80192 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10132 0 224 760 11116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.25459
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005953

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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