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- PDB-1ydg: Crystal Structure of Trp repressor binding protein WrbA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ydg
タイトルCrystal Structure of Trp repressor binding protein WrbA
要素trp repressor binding protein WrbA
キーワードPROTEIN BINDING / tetramer / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / FMN binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavoprotein WrbA-like / Flavodoxin domain / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gorman, J. / Shapiro, L. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: Crystal structures of the tryptophan repressor binding protein WrbA and complexes with flavin mononucleotide.
著者: Gorman, J. / Shapiro, L.
履歴
登録2004年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details ..._audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: trp repressor binding protein WrbA
B: trp repressor binding protein WrbA
C: trp repressor binding protein WrbA
D: trp repressor binding protein WrbA
E: trp repressor binding protein WrbA
F: trp repressor binding protein WrbA
G: trp repressor binding protein WrbA
H: trp repressor binding protein WrbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,91518
ポリマ－180,9558
非ポリマー96110
水23,2931293
1
A: trp repressor binding protein WrbA
B: trp repressor binding protein WrbA
C: trp repressor binding protein WrbA
D: trp repressor binding protein WrbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9589
ポリマ－90,4774
非ポリマー4805
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11530 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area28310 Å2
手法PISA
2
E: trp repressor binding protein WrbA
F: trp repressor binding protein WrbA
G: trp repressor binding protein WrbA
H: trp repressor binding protein WrbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9589
ポリマ－90,4774
非ポリマー4805
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11540 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area27940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.611, 121.611, 207.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The biological unit is a tetramer, there are two in the asymmetric unit. 1: Chains A, B, C, D 2: Chains E, F, G, H

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要素

#1: タンパク質
trp repressor binding protein WrbA


分子量: 22619.314 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: DRA0214 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9RYU4
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 2.6M AmSulfate, 20% Glycerol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
127.7 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1droppH7.5
3150 mM1dropNaCl
410 %glycerol1drop
52.6 Mammonium sulfate1reservoir
620 %glycerol1reservoir
75 mMdithiothreitol1reservoirpH4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月1日
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 120346 / Num. obs: 116736 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 11858 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % possible obs: 97 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / % possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.29

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 4.89 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23551 5845 5 %RANDOM
Rwork0.18632 ---
all0.18877 116506 --
obs0.18877 116506 96.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.254 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20.12 Å20 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12056 0 50 1293 13399
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02212336
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211075
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1821.95316771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.767325735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.86951608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.6124.531512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.83151945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.581572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21879
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022416
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.22869
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.210961
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.26138
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.26415
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.21087
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0870.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2730.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2120.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0531.510262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1281.53336
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.155212726
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.54635070
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3764.54045
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 436 -
Rwork0.232 8192 -
obs-8192 99.37 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.236 / Rfactor Rwork: 0.189
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 22.25 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.182
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.05 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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