[日本語] English
万見
- PDB-1ycn: X-RAY STRUCTURE OF ANNEXIN FROM ARABIDOPSIS THALIANA GENE AT1G35720 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ycn
タイトルX-RAY STRUCTURE OF ANNEXIN FROM ARABIDOPSIS THALIANA GENE AT1G35720
要素putative Ca2+-dependent membrane-binding protein annexin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Center for Eukaryotic Structural GENOMICS / CESG / AT1G35720 / ANNEXIN / MEMBRANE-BINDING / CALCIUM-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


phloem sucrose unloading / root hair tip / primary root development / plant-type cell wall / potassium ion export across plasma membrane / thylakoid / apoplast / response to abscisic acid / response to water deprivation / plasmodesma ...phloem sucrose unloading / root hair tip / primary root development / plant-type cell wall / potassium ion export across plasma membrane / thylakoid / apoplast / response to abscisic acid / response to water deprivation / plasmodesma / plant-type vacuole / calcium-dependent phospholipid binding / response to osmotic stress / chloroplast stroma / response to salt stress / response to cold / chloroplast / peroxidase activity / calcium ion transmembrane transport / response to heat / copper ion binding / calcium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Annexin D, plant / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. ...Annexin D, plant / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: X-RAY STRUCTURE OF ANNEXIN FROM ARABIDOPSIS THALIANA GENE AT1G35720
著者: Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
履歴
登録2004年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: putative Ca2+-dependent membrane-binding protein annexin
B: putative Ca2+-dependent membrane-binding protein annexin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4252
ポリマ－72,4252
非ポリマー00
水5,062281
1
A: putative Ca2+-dependent membrane-binding protein annexin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2131
ポリマ－36,2131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: putative Ca2+-dependent membrane-binding protein annexin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2131
ポリマ－36,2131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.543, 96.936, 226.878
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 putative Ca2+-dependent membrane-binding protein annexin


分子量: 36212.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AT1G35720 / プラスミド: PVP-17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: GenBank: 12083278, UniProt: Q9SYT0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.1 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8
詳細: 10 MG/ML PROTEIN, 15% PEG4K, 10% MPD, 0.100 M HEPPS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 8.00

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97942
検出器タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月15日
詳細: SAGITALLY FOCUSING 2ND CRYSTAL, ROSENBAUM-ROCK VERTICAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR: WATER COOLED; SAGITALLY FOCUSING 2ND CRYSTAL, ROSENBAUM-ROCK VERTICAL FOCUSING MIRROR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.508→33.125 Å / Num. obs: 27985 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 44.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 12.618
反射 シェル解像度: 2.51→2.57 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.231 / Mean I/σ(I) obs: 4.589 / % possible all: 76.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å33.13 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP8.2.01version5.0:04/07/04位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N00

1n00


解像度: 2.51→33.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: MOLPROBITY USED TO ASSIST IN FINAL MODEL BUILDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1320 4.9 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 27131 93.5 %-
all-29016 --
溶媒の処理溶媒モデル: CNS BULK SOLVENT MODEL USED / Bsol: 38.55 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.98 Å20 Å20 Å2
2---2.76 Å20 Å2
3----8.22 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→33.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4973 0 0 281 5254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.62 Å / Rfactor Rfree error: 0.024
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 160 5.2 %
Rwork0.279 2903 -
obs--85.5 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る