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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ycc | |||||||||
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タイトル | HIGH-RESOLUTION REFINEMENT OF YEAST ISO-1-CYTOCHROME C AND COMPARISONS WITH OTHER EUKARYOTIC CYTOCHROMES C | |||||||||
![]() | CYTOCHROME C | |||||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT (CYTOCHROME) | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Respiratory electron transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Respiratory electron transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Louie, G.V. / Brayer, G.D. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: High-resolution refinement of yeast iso-1-cytochrome c and comparisons with other eukaryotic cytochromes c. 著者: Louie, G.V. / Brayer, G.D. #1: ![]() タイトル: A Polypeptide Chain-Refolding Event Occurs in the Gly82 Variant of Yeast Iso-1-Cytochrome C 著者: Louie, G.V. / Brayer, G.D. #2: ![]() タイトル: Yeast Iso-1-Cytochrome C. A 2.8 Angstrom Resolution Three-Dimensional Structure Determination. 著者: Louie, G.V. / Hutcheon, W.L.B. / Brayer, G.D. #3: ![]() タイトル: Role of Phenylalanine-82 in Yeast Iso-1-Cytochrome C and Remote Conformational Changes Induced by a Serine Residue at This Position 著者: Louie, G.V. / Pielak, G.J. / Smith, M. / Brayer, G.D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 34.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 484 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 489.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE LYS 72 AND TML 72 FORM EPSILON-N-TRIMETHYLLYSINE. SEE REMARK 5 ABOVE. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12115.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P00044 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEC / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.68 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.2 / 手法: free interface diffusion | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.23 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. obs: 27713 / Observed criterion σ(F): 3 / Num. measured all: 48466 / Rmerge(I) obs: 0.081 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.192 / 最高解像度: 1.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.23 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 12513 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |