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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ybv | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF TRIHYDROXYNAPHTHALENE REDUCTASE IN COMPLEX WITH NADPH AND AN ACTIVE SITE INHIBITOR | ||||||
要素 | TRIHYDROXYNAPHTHALENE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tetrahydroxynaphthalene reductase / tetrahydroxynaphthalene reductase activity / melanin biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Magnaporthe grisea (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Andersson, A. / Schneider, G. / Lindqvist, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1996 タイトル: Crystal structure of the ternary complex of 1,3,8-trihydroxynaphthalene reductase from Magnaporthe grisea with NADPH and an active-site inhibitor. 著者: Andersson, A. / Jordan, D. / Schneider, G. / Lindqvist, Y. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 1996 タイトル: Crystallisation and Preliminary X-Ray Diffraction Study of 1,3,8-Trihydroxynaphthalene Reductase from Magnaporthe Grisea 著者: Andersson, A. / Jordan, D. / Schneider, G. / Valent, B. / Lindqvist, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ybv.cif.gz | 103.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ybv.ent.gz | 82 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ybv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/1ybv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/1ybv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999978, -0.004005, 0.005347), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30151.643 Da / 分子数: 2 / 変異: P2A, S241V, A242Q, H247 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Magnaporthe grisea (菌類) / 株: 409158 / 細胞株: BL21 / 遺伝子: BUF+ / プラスミド: PTHNR2 / 遺伝子 (発現宿主): BUF+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PET11 (NOVAGEN) / 参照: UniProt: Q12634, EC: 1.3.1.50 #2: 化合物 | #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Andersson, A., (1996) Proteins: Struct.,Funct., Genet., 24, 525. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年12月16日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 19294 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.086 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Num. measured all: 111124 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.8→8 Å / σ(F): 2 / 詳細: STRICT TWO-FOLD NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
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拘束条件 |
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