[日本語] English
万見
- PDB-1ybl: NMR structure of the i-motif tetramer of d(AACCCC) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ybl
タイトルNMR structure of the i-motif tetramer of d(AACCCC)
要素5'-D(*AP*AP*CP*CP*CP*C)-3'
キーワードDNA / i-motif / hemiprotonated cytidine / tetrahymena / telomer
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Esmaili, N. / Leroy, J.-L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2005
タイトル: i-motif solution structure and dynamics of the d(AACCCC) and d(CCCCAA) tetrahymena telomeric repeats
著者: Esmaili, N. / Leroy, J.-L.
履歴
登録2004年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年6月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Source and taxonomy
カテゴリ: ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair ...ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 / _ndb_struct_na_base_pair_step.tip ..._ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 / _ndb_struct_na_base_pair_step.tip / _ndb_struct_na_base_pair_step.twist / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*AP*AP*CP*CP*CP*C)-3'
B: 5'-D(*AP*AP*CP*CP*CP*C)-3'
C: 5'-D(*AP*AP*CP*CP*CP*C)-3'
D: 5'-D(*AP*AP*CP*CP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9534
ポリマ－6,9534
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area4660 Å2
ΔGint38 kcal/mol
Surface area2410 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 10back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデルモデル #1fewest violations

-
要素

#1: DNA鎖
5'-D(*AP*AP*CP*CP*CP*C)-3'


分子量: 1738.183 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
2222D TOCSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

-
試料調製

詳細内容: pH 4.5 to 6 / 溶媒系: H2O/D2O solution
試料状態イオン強度: no added salt / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 273 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851Brunger A.T.構造決定
X-PLOR3.851Brunger A.T.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 96 NOE-derived distances constraints and 12 distance restraints for hydrogen bonds derived from proton exchange measurements
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る