PDB-1ybj: Structural and Dynamics studies of both apo and holo forms of the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ybj

タイトル

Structural and Dynamics studies of both apo and holo forms of the hemophore HasA

要素

Hemophore HasA

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / alpha+beta structure / curved anti-parallel beta-sheet

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Wolff, N. / Izadi-Pruneyre, N. / Couprie, J. / Habeck, M. / Linge, J. / Rieping, W. / Wandersman, C. / Nilges, M. / Delepierre, M. / Lecroisey, A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Comparative analysis of structural and dynamic properties of the loaded and unloaded hemophore HasA: functional implications.
著者: Wolff, N. / Izadi-Pruneyre, N. / Couprie, J. / Habeck, M. / Linge, J. / Rieping, W. / Wandersman, C. / Nilges, M. / Delepierre, M. / Lecroisey, A.

履歴

登録	2004年12月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ybj.cif.gz	486.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ybj.ent.gz	403.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ybj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ybj_validation.pdf.gz	343.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ybj_full_validation.pdf.gz	437.4 KB	表示
XML形式データ	1ybj_validation.xml.gz	41.2 KB	表示
CIF形式データ	1ybj_validation.cif.gz	56 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/1ybj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/1ybj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2lsn-d 3zpf-d 1sr3-d 2m8h-d 4zzf-d 4d63-d 1xn6-d 4jf8-d 2kcq-d 5emw-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hemophore HasA

18.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 20	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #10	lowest energy

#1: タンパク質	Hemophore HasA / Heme acquisition system protein A 分子量: 18289.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: hasA / プラスミド: pSYC150 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pop3 / 参照: UniProt: Q54450

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	HNHA
1	2	2	3D 15N-separated NOESY
1	3	2	3D 13C-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: H-bond constraints according to the amide proton-deuterium exchange measurements (15N HSQC experiments)

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1.8mM HasA 15N	20mM sodium phosphate buffer, pH5.6; 90% H2O/10% D20
2	1.9mM HasA 15N,13C	20mM sodium phosphate buffer, pH5.6; 90% H2O/10% D20

試料状態

イオン強度: 20mM sodium phosphate buffer / pH: 5.6 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	750	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1c		collection
NMRPipe		F. Delaglio, S. Grzesiek, G. W. Vuister, G. Zhu, J. Pfeifer and A. Bax	解析
XEASY	1.3.13	Bartels, C., Xia, T.H., Billeter, M., Guntert, P., Wuthrich, K.	データ解析
ARIA/CNS	2.0alpha	Linge, J., Nilges, M., Habeck, M., Rieping, W.	構造決定
ARIA/CNS	2.0alpha	Linge, J., Nilges, M., Habeck, M., Rieping, W.	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures are based on a total of 3537 distance restraints (where 3145 were unambiguous and 392 ambiguous),111 phi torsion angles and 34 hydrogen bonds.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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