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万見
- PDB-1ybf: Crystal structure of AMP nucleosidase from Bacteroides thetaiotao... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ybf
タイトルCrystal structure of AMP nucleosidase from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482
要素AMP nucleosidase
キーワードHYDROLASE / Structural genomics / Protein Structure Initiative / PSI / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / T1840 / AMP nucleosidase / Bacteroides thetaiotaomicron
機能・相同性
機能・相同性情報


AMP nucleosidase activity / nucleoside metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
AMP nucleosidase, putative / : / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMP nucleosidase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Krishnamurthy, N.R. / Swaminathan, S. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of AMP nucleosidase from Bacteroides thetaiotaomicron
著者: Krishnamurthy, N.R. / Swaminathan, S.
履歴
登録2004年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct_conn
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE CHAINS A,B,C: RESIDUES 1-3:CLONING ARTIFACTS RESIDUES 261-268: HIS TAGS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMP nucleosidase
B: AMP nucleosidase
C: AMP nucleosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9583
ポリマ－91,9583
非ポリマー00
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: AMP nucleosidase
B: AMP nucleosidase
C: AMP nucleosidase

A: AMP nucleosidase
B: AMP nucleosidase
C: AMP nucleosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,9156
ポリマ－183,9156
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_755-x+2,y,-z1
Buried area14630 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area51560 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)108.120, 108.120, 160.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 AMP nucleosidase


分子量: 30652.574 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7MVU1*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.5 M Magnesium formate, Bis-Tris buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月29日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Silicone / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 26147 / Num. obs: 26147 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Num. unique all: 2100 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE& SHARP位相決定
CNS1精密化
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2641 1021 -Random
Rwork0.2281 ---
all-21834 --
obs-21834 95 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.186 Å20 Å20 Å2
2--3.186 Å20 Å2
3----6.372 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5455 0 0 16 5471
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32623
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00703
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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